山西省运城市中心医院擅长的科室有心血管内科、妇科、肿瘤科等。
1、心血管内科
山西省运城市中心医院心血管内科是市内重点学科，配备了中央监护系统、层流病房、除颤仪等先进设备，擅长治疗高血压性心脏病、脑血管意外、眼底动脉硬化、肾小球硬化、高血压、高脂血症、心肌病冠心病等疾病，疗效显著。
2、妇科
山西省运城市中心医院妇科以妇科肿瘤的诊治及腔镜手术主要治疗，腔镜手术开展十余年，在省内处于领先位置，宫外孕手术腔镜完成在100%,妇科肿瘤手术60%在腔镜下完成，近年来在妇科盆底疾病诊治方面有了长足进展。
3、肿瘤科
山西省运城市中心医院肿瘤科是山西省省重点学科，肠、肝胆、胰腺等消化道肿瘤，乳腺肿瘤，妇科、泌尿生殖肿瘤及周围软组织肿瘤等。肿瘤规范化治疗是科室特色，可将内科治疗、该介入治疗、靶向治疗及中医中药等方法合理应用于肿瘤患者。