南阳市中医院擅长的科室有儿科、妇产科、急诊科、普外科等。
1、儿科
南阳市中医院新生儿重症监护病区，擅长治疗新生儿休克、新生儿呼吸衰竭、新生儿脓毒症、新生儿呼吸窘迫综合征、胎粪吸入综合征、新生儿肺炎、新生儿缺血缺氧性脑病、新生儿颅内出血、心肌炎、心内膜弹力纤维增生症、坏死性小肠炎等疾病；对肺出血、肺动脉高压、多脏器功能障碍及严重弥散性血管内凝血的治疗有独到的经验，治愈率高。
2、妇产科
南阳市中医院妇产科，科室设备先进齐全，病房宽敞明亮整洁清静，工作人员素养良好，理论扎实，技术过硬。可诊治子宫肌瘤、卵巢肿瘤、子宫颈癌、子宫内膜癌等妇科肿瘤，中西医结合治疗盆腔炎、阴道炎等感染性疾病，及异位妊娠的保守治疗及手术治疗。
3、急诊科
南阳市中医院急诊科，为南阳市急诊医学会主委单位。在急性中毒，急性创伤救治等方面积累了丰富的经验，成为“豫西南急性中毒救治技术指导中心和血液灌流技术临床科研培训基地”。科室抢救设备齐全，急性百草枯中毒，重症有机磷中毒等救治水平省内领先，通过科研攻关，近年来成功救治大量百草枯（50ml）、有机磷、胡蜂蜇伤、毒蛇咬伤等中毒患者，创造了一例又一例生命奇迹。
4、普外科
南阳市中医院普外科，是南阳市中医院最早成立的外科专业科室，在治疗深静脉血栓、动脉粥样硬化、静脉炎、下肢静脉曲张、动脉硬化闭塞症、血栓闭塞性脉管炎等周围血管疾病方面，充分发挥中医药优势，形成了以中药口服结合中药外敷及理疗为特色、以活血化瘀为主要治疗方法的临床辨证体系、手术治疗为辅助的诊疗方案，取得了良好的效果及社会影响。