昆明的三甲医院有昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院、解放军联勤保障部九二零医院等数家。其中昆明医科大学第一附属医院在复旦大学医院管理研究所公布的西南区综合实力排行榜中两次位列第四；昆明医科大学第二附属医院烧伤、重症医学等学科已步入国内、省内领先行列；解放军联勤保障部九二零医院有国家、军队、云南省专科中心、重点学科30余个。
第一名：昆明医科大学第一附属医院
昆明医科大学第一附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、干部保健、突发公共卫生事件应急处理和医疗急救于一体的大型综合医院，以名医荟萃、学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大位列云南医疗界榜首，在复旦大学医院管理研究所公布的西南区综合实力排行榜中两次位列第四。
第二名：昆明医科大学第二附属医院
昆明医科大学第二附属医院已经发展为科室齐全、人才济济，技术力量雄厚，学科优势突出的集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型省属三级甲等综合性医院。医院科室齐全，学科优势突出，其中肝胆胰外科、泌尿、康复医学、烧伤、重症医学等学科，已步入国内、省内领先行列。
第三名：解放军联勤保障部九二零医院
解放军联勤保障部九二零医院是一所具有73年光荣传统和悠久历史的大型综合性三级甲等医院，有国家、军队、云南省专科中心、重点学科30余个，在创伤、胸痛急救、骨髓移植、脊髓损伤康复治疗等方面已形成了特色优势，与国内学科发展同步，在省内均属领先水平，显微外科、手外科救治达国内先进水平。
第四名：云南省第一人民医院
云南省第一人民医院是云南省最早的中国人自办省立医院，现已成为云南省疑难危重疾病的救治中心，是集医疗、科研、教学和紧急救援为一体的大型三级甲等综合医院，拥有23个国家级和省级重点专科，先后荣获全国百佳医院、全国医院管理年活动先进单位、全国发挥信息优势示范医院等荣誉。
第五名：云南省肿瘤医院
云南省肿瘤医院是云南省集医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等肿瘤专科医院，承担着全省肿瘤防治研究、人才培养及肿瘤学术交流任务，是国家肿瘤区域医疗中心、云南省癌症中心等，在“2021年中国肿瘤医院影响力排行榜”中位列全国第12名，西南、西北地区第2名。
第六名：昆明市儿童医院
昆明市儿童医院已成为云南省唯一一所集医疗、教学、科研、保健、预防为一体的儿童综合性医院，承担着繁重的医疗、保健、科研和教学任务，为推动昆明地区及全省儿科医学的发展，挽救患儿的生命，促进儿童健康，提高人口素质，做出了十分重要的贡献，得到国际有关组织的赞誉和省、市各级政府的嘉奖、表彰，获得省、市先进集体、市级文明单位等荣誉称号。
第七名：云南省中医医院
云南省中医医院是集云南省135家省、州（市）、县（区）中医院和相关单位为一体的云南省中医医疗集团总医院，现已发展成为人才荟萃、技术力量雄厚、科室齐全、设备先进、中医、中西医诊疗体系完备，能够为广大人民群众提供不同层次的中医、西医、中西医结合医疗、保健服务的大型综合性中医医院。
第八名：云南省精神卫生中心
云南省精神卫生中心已发展成为一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的大型三级甲等精神病专科医院，是国家级精神科住院医师规范化培训基地和云南省精神科护士专科培训基地，目前“云南省心理卫生协会”、“云南省医院协会精神病医院管理专业委员会”、“云南省康复医学会精神康复专业委员会”、“云南省精神医学基金组织”等多个学术团体均设在院内。
第九名：云南省传染病医院
云南省传染病医院已成为了三级甲等传染病专科医院，承担全省传染病、艾滋病、精神病临床诊疗服务和相关疾病的专业培训、技术指导、科学研究、对外交流与合作等公共卫生职能，为全省传染病、特别是艾滋病、高致病性禽流感、中东呼吸综合征、埃博拉出血热等新发、重大烈性传染病的防治以及严重精神障碍性疾病的诊疗和康复做出了积极贡献。
第十名：云南省妇幼保健院
云南省妇幼保健院是省卫生健康委直属非营利性公益性三级甲等妇幼保健院，全院开设产科、妇科、普儿科、新生儿科、儿童保健科等专科，为妇女儿童全生命周期提供保健、诊疗一体化精细服务，是“全国百家优秀爱婴医院”、“全国围产保健优秀项目单位”、“全国首批无痛分娩试点单位”等。