手足口病建议就诊于儿科，海南治疗手足口病医院排名靠前的是海南省人民医院儿科、海南医学院第一附属医院儿科、海南医学院第二附属医院东湖分院儿科等，海南省人民医院儿科为海南省医学重点学科、海南省重点专科，是省级儿童危重病救治中心；海南医学院第一附属医院儿科为国家级儿科学住院医师规范化培训基地；海南医学院第二附属医院东湖分院儿科为医教研协同发展的儿科专科，设有独立PICU。
1、海南省人民医院 儿科
该科室是海南省建制最早的儿童医疗机构，为省医学重点学科、省重点专科，也是省级儿童危重病救治中心，搭建13个儿科亚专业体系。配备呼吸机、脑功能监测设备、床旁超声等全套重症救治设施，具备完善的危重症抢救体系，可对重症手足口病开展规范救治，同时还可诊疗儿童白血病、哮喘、癫痫、遗传代谢病等各类儿科疾病。
2、海南医学院第一附属医院 儿科
该科室为国家级儿科学住院医师规范化培训基地、国家级围产医学规范化培训基地，多名专家在国内多个儿科学术组织任职。配有高频呼吸机、血液净化装置、NO吸入装置、肺功能仪等设备，拥有完善的危重症救治技术储备，能够妥善处置手足口病合并重症并发症，同时覆盖新生儿疾病、血液肿瘤、风湿免疫、内分泌遗传代谢病的诊疗工作。
3、海南医学院第二附属医院东湖分院 儿科
该科室传承自原海南省农垦总医院儿科，建有普通病区与独立PICU，可开展基因检测、持续血液滤过、小儿支气管镜等前沿诊疗项目。配备呼吸机、腹膜透析相关设备，具备儿童危重感染性疾病的抢救能力，可完成手足口病的分型诊治与监护，同时对小儿呼吸、消化、泌尿、过敏性疾病等儿科常见病、疑难病开展规范化诊疗。
4、海口市人民医院 小儿内科
该科室发展历史悠久，建有独立NICU与PICU，是中南大学硕博培养点，和多家海外医疗机构保持学术交流。配备肺表面活性物质、高频通气设备等，抢救成功率高，曾开设发热门诊与隔离病房批量处置手足口病患儿，同时擅长早产儿救治、新生儿罕见病、线粒体脑肌病等各类儿科疑难病症的诊断与长期管理。
5、海南省第三人民医院 儿科
该科室是琼南地区最早的儿科专科之一，为国家住院医师规范化培训基地、海南省南半部疑难危重儿童救治中心，PICU救治水平突出。配有儿童呼吸机、纤维支气管镜、高压氧舱等生命支持设备，搭建儿童急救绿色通道，可开展重症手足口病的综合救治，同时接诊呼吸、神经、血液、发育行为等多系统儿童疾病。
