德州市三甲医院有山东大学齐鲁医院德州医院、德州市中医院等。其中山东大学齐鲁医院德州医院设有博士后工作站，并在全省较早建成“胸痛中心-高级卒中中心-德州市创伤中心-德州市孕产妇危急重症救治中心-德州市危重儿童和新生儿救治中心”五大中心的救治网络；德州市中医院学科日臻完善，专科特色突出，其内分泌科（糖尿病科）为国家级重点中医专科，并先后荣获多个荣誉称号。
第一名：山东大学齐鲁医院德州医院
德州市人民医院，已成为集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性三级甲等医院。医院设有博士后工作站，现为滨州医学院附属医院、山东大学临床医学专业博士生联合培养基地、国家首批住院医师规范化培训基地、国家卫健委脑卒中筛查与防治基地、国家微创介入专科能力培训基地等。医院在全省较早建成“胸痛中心-高级卒中中心-德州市创伤中心-德州市孕产妇危急重症救治中心-德州市危重儿童和新生儿救治中心”五大中心的救治网络。
第二名：德州市中医院
德州市中医院，是集医疗急救、康复保健、科研教学为一体的国家三级甲等中医医院，现为滨州医学院附属医院、北京东直门医院协作医院、国家中医住院医师规范化培训基地、山东省中医药预防保健服务中心。该院学科日臻完善，专科特色突出，其内分泌科（糖尿病科）为国家级重点中医专科，康复科、治未病科承担了国家中医药预防保健及康复与临床服务能力建设项目。近年来，该院先后荣获“全省卫生计生先进集体”“全省中医工作先进集体”“山东省新冠疫情防控先进集体”“德州市百姓满意医院”等荣誉称号。
第三名：德州市第二人民医院
德州市第二人民医院是集医疗、预防、康复保健、急诊急救、医学科研为一体的三级公立医院，是全市唯一一所肿瘤、精神卫生、呼吸疾病防治诊疗基地。医院拥有肿瘤内科、肿瘤外科、放射治疗科、病理科等15个市级重点专科，肿瘤科为省级临床重点专科建设单位。胸腹部肿瘤微创技术、精确放射治疗技术、肿瘤多学科综合规范化诊疗、乳腺癌规范化诊疗、烧烫伤技术均居全市领先水平。
第四名：临邑县人民医院
临邑县人民医院现已发展成为科室齐全、设备先进、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研和康复服务于一体的二级甲等综合性医院。心血管内科、骨科为市重点学科，拥有心脑血管、胸外、普外、颅脑外、肿瘤、血液、内分泌、烧伤整形等专业的医疗人才160人。
第五名：德州市妇幼保健院
德州市妇幼保健院是一所集医疗、保健、教学、科研、培训、健康教育于一体的市级妇幼保健机构。成功创建市级妇产整体康复中心，产科、妇科、儿科、儿保科、检验科、中医科、临床护理、超声诊断等被评为德州市临床重点专科，妇产整体康复、分娩镇痛等被评为德州市临床精品特色专科。医院妇科借助北京专家平台，微创技术突飞猛进，宫腔镜下宫角妊娠手术填补了该市技术空白。