广西壮族自治区工人医院擅长的科室有呼吸与消化内科、中毒与肾内科、心血管与内分泌科、皮肤科、神经内科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、呼吸与消化内科
广西壮族自治区工人医院呼吸与消化内科主要从事呼吸、消化内科疾病，职业性肺病和老年病等内科疾病的诊断、治疗。开展有肺灌洗治疗、肺粘膜活检、TBLB、消化道溃疡、息肉和肿瘤的内镜下摘除及活检等多种介入治疗技术。并配有PB840有创呼吸机3台、无创呼吸机8台、中央监护系统等先进设备，具有丰富临床急危重症抢救经验。有运动心肺功能康复室，能治疗各种慢性心肺功能不全，康复效果显着。
2、中毒与肾内科
广西壮族自治区工人医院中毒与肾内科是以收治各类职业病及肾脏内科疾病为主的临床科室，以职业中毒为基础，同时开设肾内科及血液净化治疗室。科室拥有雄厚的专科技术力量，是省卫生计生委的重点建设学科，经过三十多年的研究、实践与发展，目前已发展成为集医疗、教学、科研于一体的职业病专业诊疗科室，抢救急性中毒的成功率达95%以上。
3、心血管与内分泌科
广西壮族自治区工人医院心血管与内分泌科配备有全自动血气分析仪、美国PB840呼吸机、日本奥林巴斯纤维支气管镜、高压氧仓等现代化设备。擅长高血压病、冠心病、心律失常等心血管疾病；糖尿病、甲状腺功能亢进等内分泌科疾病的诊治及心脏疾病的康复治疗，并承担区内核及核辐射损伤应急救治工作、放射病的诊治。
4、皮肤科
广西壮族自治区工人医院皮肤科拥有微波治疗仪、液氮枪、过敏原检测、真菌荧光检测系统等专业诊疗设备，承担着院内门诊皮肤病、性病诊疗业务以及院内会诊、体检等业务。能为广大群众提供皮肤病诊治：如头癣、体癣、手足癣、甲癣等真菌性皮肤病；带状疱疹、单纯疱疹、寻常疣、扁平疣等病毒性皮肤病；毛囊炎、脓疱疮、丹毒等细菌性皮肤病等。
5、神经内科
广西壮族自治区工人医院神经内科设有康复治疗室专治脑血管意外后遗症及其他各类神经系统疾病后遗症的康复，擅长脑血管疾病(脑梗塞、脑出血)、偏头痛、脑部炎症性疾病(脑炎、脑膜炎)、脊髓炎、癫痫、痴呆、代谢病和遗传倾向疾病、三叉神经痛、坐骨神经病、周围神经病及重症肌无力等。
