吉林大学第一医院二部擅长的科室有心血管内科、神经内科、神经外科、普外科、重症医学科等。
1、心血管内科
吉林大学第一医院二部心血管内科是卫生部国家临床重点专科，是集医疗、教学、科研为一体的心血管病专业学科，科室拥有高资历、高学位、高素质的师资队伍，医疗设备齐全，不但能够救治冠心病、不稳定型心绞痛、急性心肌梗塞、心脏瓣膜疾病等各种心血管疾病，并且积极开展冠脉介入技术。对于各种危重病人抢救成功率达到95%以上，取得了广大患者的信赖和好评。
2、神经内科
吉林大学第一医院二部神经内科由我国著名神经病学和神经病理学家刘多三教授创建，在全国属于规模最大的神经内科之一，现为国家重点学科单位，卫生部全国重点专科单位。科室拥有最先进的大型仪器，为临床工作提供保障，在神经系统疾病的诊断和治疗方面，尤其是脑血管病、痴呆等疾病的诊治，居于国内先进水平。本学科有一支学术气氛浓、结构合理、团结协作的学术梯队，为省内广大患者提供了坚实、有力的医疗技术保证。
3、神经外科
吉林大学第一医院二部神经外科已经成为了院内的临床重点科室，是一个技术力量雄厚，设备齐全的多功能科室。神经外科拥有完整的神经外科医疗团队，近年来购置了大量医疗器械设备，医疗技术水平突飞猛进，目前已成功开展了颅内动脉瘤夹闭术、颅内动脉瘤介入栓塞术、颅底肿瘤切除术等，对于动脉瘤、高血压脑出血、重度颅脑损伤救治积累了丰富经验，各种疾病的治疗及护理均已形成完整体系。科室在全省同行业内，综合实力已位居前列，具备较高的诊疗及管理水平。
4、普外科
吉林大学第一医院二部普外科，是吉林大学所有附属医院中第一个肛肠疾病专科，是卫生部国家临床重点专科。本着“和谐、勤奋、创新、发展”的指导思想，恪守“以病人为中心，全心全意为人民服务”的宗旨，不断完善学科建设，积极开展技术创新，以满腔热忱及先进的医疗技术竭诚为广大患者服务，已成为吉林大学白求恩第一医院肛肠疾病诊疗中心。
5、重症医学科
吉林大学第一医院二部重症医学科是卫生部国家临床重点专科，拥有先进、齐全的抢救设备，加上功能完备的现代化重症监护室使急救医学科处于省内领先水平，主要收治包括心脏骤停、急性呼吸功能不全、急性心肌梗塞和不稳定型心绞痛等疾病患者，抢救各系统危重症均有较高的成功率。科室在急性中毒的救治上颇具特色，是省内一流的中毒救治中心，受到社会的充分肯定。科室坚持贯彻执行各项医疗规章制度、不断提高医疗质量及学术水平。