武警总医院擅长泌尿外科、眼科、神经外科、肾脏病科、老年医学科。这些科室综合实力领先，临床专科诊治优势突出，可为患者提供精准的诊疗服务。
1、泌尿外科
集临床、教学和科研于一体，已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心。2020年全国医院专科排行榜位居全国第2位。科室设备齐全、技术力量雄厚、专业人才结构合理，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。学部培养了数千余名国内外泌尿外科专科医师，他们很多都成为世界各地医院泌尿外科学科带头人包括欧洲知名大学泌尿外科主任。
2、眼科
是集眼科医疗、教学、科研、保健、预防、康复于一体的现代化综合眼科，是国家重点（培育）学科、国家重点专科军队建设项目、国家临床药物试验基地。下设眼科、神经眼科、眼眶病外科3个亚专科和眼科研究所，具有领先优势的特色亚专科和诊疗项目，拥有国际先进的各类诊疗设备、微创手术设备及内窥镜、激光等，在国内外享有较高声誉。
3、神经外科
是国内第一家将脑血管病手术治疗、血管内介入治疗及内科治疗整合为一个治疗单元的现代化脑血管病诊治中心，也是中国卒中学会卒中中心、北京市脑血管病绿色通道执行科室。颅眶沟通肿瘤、脊髓空洞微创特色治疗在国内、国际上拥有较大的影响。2009年开展的眼动脉超选择介入化疗治疗晚期小儿视网膜母细胞瘤开创国内介入化疗治疗该疾病之先河，是世界上治疗该种病例最多的中心之一。
4、肾脏病科
在国内较早开展慢性肾衰继发性甲旁亢诊治工作，成功完成甲状旁腺切除术100余例，专著《慢性肾脏病继发性甲旁亢》填补了国内专业书籍空白。科室在复发性肾病综合征、糖尿病肾病、急性肾损伤和慢性肾衰继发性甲状旁腺功能亢进的救治及透析患者长期存活方面形成治疗特色，达国内领先水平。
5、老年医学科
是集医疗、保健、教学、科研为一体的综合性科室，是国家老年疾病临床医学研究中心委员单位、北京地区老年护理专科护士临床教学基地、解放军总医院护理规范服务培训基地、为军服务先进单位。科室拥有多学科专家团队，主要针对老年人内科常见病、多发病开展综合防治，同时收治地方老年综合征、多病共存及其他急、慢性内科疾病的老年患者。