北京治乙肝比较好的医院是首都医科大学附属北京地坛医院、北京协和医院感染内科、中国人民解放军总医院消化内科，可就诊于肝病科、感染科等，首都医科大学附属北京地坛医院肝病中心收治病种包括各种肝病，是国内最早开展乙型肝炎抗病毒治疗耐药检测的单位之一。北京协和医院感染内科是卫生部临床重点学科，中国人民解放军总医院消化内科被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。
第一名：首都医科大学附属北京地坛医院-肝病中心
首都医科大学附属北京地坛医院肝病中心是国内最早开展乙型肝炎抗病毒治疗耐药检测的单位之一，是集医疗优势、科研实力、教学基地为一体的新型肝病医、教、研、防重点学科。学科与人才梯队在国家重大专项课题研究中更好的发挥已有的骨干作用。收治病种各种肝病，包括病毒性肝炎、肝炎肝硬化、原发性肝癌等。
第二名：北京协和医院-感染内科
北京协和医院感染内科是北京协和医院最早成立的科室之一，现已成为国内一家集医疗、科研、预防和人才培养的国家级传染病的医疗诊治、医学教育和医学研究中心。北京协和医院感染科是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点学科，擅长乙肝、肝硬化等疾病的治疗。在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜名列第七。
第三名：中国人民解放军总医院-消化内科
中国人民解放军总医院消化内科被评为北京市重点学科、全军首批国家临床医学专科中心建设单位。医学部包含消化内镜超级微创与修复（消化军事医学）、食管胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室。在消化系统常见病、疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，也能够诊治乙肝等疾病，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。
第四名：北京大学第一医院-抗感染科
北京大学第一医院抗感染科由我国著名临床药理学家李家泰教授创建并任首任所长，为我国第一个临床药理研究所，是我国临床药理高级学术研究机构和抗生素研究中心之一，也是我国最早的卫生部药物临床研究基地。主要收治发热待查、呼吸道感染、尿路感染、皮肤软组织感染、乙肝等患者。
第五名：首都医科大学附属北京友谊医院-消化内科
首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点(培育)学科、北京市重点学科。在消化系疑难病及乙肝的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，连续多年被评为医院先进科室。
第六名：首都医科大学附属北京佑安医院-肝病科
首都医科大学附属北京佑安医院肝病科是以“病毒性肝炎”、“肝炎肝硬化及相关并发症”“罕见复杂肝病”为核心特色，集医疗、教学、科研、培训、国际交流与合作为一体的整合式肝病诊疗中心。科室开展慢性乙型肝炎抗病毒治疗，尤其不明原因肝功能异常、长期黄疸、肝脾大等罕见少见肝病、遗传代谢性肝病，以及病毒、酒精、血管病变等病因所致复杂肝病和相关肝硬化的精准诊疗。
第七名：北京大学第三医院-感染疾病科
北京大学第三医院感染疾病科是一个完整独立的临床科室，有良好的就医环境，该科室开展急性/慢性乙型肝炎、丙型肝炎的规范化抗病毒治疗。同时还承担各种肝炎、肝病相关知识的咨询，如肝病相关化验的解释、肝病患者生活饮食运动注意事项、乙肝携带者的管理、乙肝的预防及母婴阻断等。
第八名：北京大学人民医院-肝病研究所
北京大学人民医院肝病研究所，已发展为集科学研究、临床治疗、临床检验为一体的综合性研究所，下设有肝病科、感染科、检验实验室、肝病研究所等部门。肝病研究所以肝炎病毒和所致疾病的诊断、治疗及预防为主要研究方向，研制了我国第1支血源性乙肝疫苗，为北京市丙型肝炎和肝病免疫治疗重点实验室、感染病国家重点专科。
第九名：北京天坛医院-感染科
北京天坛医院感染科是感染疾病诊疗和传染疾病防控的专业科室，包括感染科门诊、发热门诊、肠道门诊和感染科病房，在肺部感染及其他各器官感染诊疗方面逐渐形成科室诊疗特色，还擅长不明原因发热患者的鉴别、诊疗，多学科协作进行各类脓肿的诊疗等。曾经诊疗特殊病例包括乙肝、盆腔组织脓肿、化脓性胆管炎、腰椎结核伴寒性脓肿、恙虫病、布氏杆菌病等。