儿童内分泌科医院比较好的是复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、重庆医科大学附属儿童医院，复旦大学附属儿科医院内分泌遗传代谢科在脂肪酸代谢障碍等疾病的急诊处理和治疗方面也建立了系统化的临床诊治方案，具有诊断技术多样、方法先进特征，是我国多个行业临床诊治共识的撰写单位。首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科为全国开设儿科内分泌亚专科门诊最齐全的医院；重庆医科大学附属儿童医院内分泌科是全国知名的集医疗、教学、科研为一体的儿童内分泌遗传代谢诊治中心。
第一名：复旦大学附属儿科医院-内分泌遗传代谢科
复旦大学附属儿科医院内分泌遗传代谢科，分别开设有内分泌、遗传代谢、少女妇科三个系列的专科、专家、高级专家和特需服务门诊。在儿童生长发育疾病、糖尿病、肥胖等方面具有丰富的经验；在罕见病、遗传代谢病方面如普拉德.威利综合征、有机酸血症、脂肪酸代谢障碍等疾病的急诊处理和治疗方面也建立了系统化的临床诊治方案，具有诊断技术多样、方法先进特征，是我国多个行业临床诊治共识的撰写单位。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-内分泌遗传代谢科
首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科，率先通过了全国第一批GCP基地认证，成为全国开设儿科内分泌亚专科门诊最齐全的医院。科研项目包括国家自然基金、国家“十一五”支撑计划、北京市自然科学基金、首都医学发展基金、荷兰营养基金会项目、卫生部基金及首都医科大学基础-临床合作课题等项目。仅近5年在核心期刊及SCI期刊发表专业论文100余篇。获得科技成果奖项1项。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院-内分泌科
重庆医科大学附属儿童医院内分泌科，目前是全国知名的集医疗、教学、科研为一体的儿童内分泌遗传代谢诊治中心，国家卫生健康委能力建设和继续教育中心的首批儿童生长发育专项能力提升项目培训基地。配套核医学科、临检中心、分子医学中心、双能X线骨密度、放射科及超声检验和检查平台，开展儿童内分泌遗传代谢常规激素及遗传代谢相关检查，进行各种内分泌激发试验评估内分泌功能。
第四名：浙江大学医学院附属儿童医院-内分泌科
浙江大学医学院附属儿童医院内分泌科，除了收治内分泌疾病外，还收治儿内科普通疾病和疑难杂症。近5年承担自然科学基金、国际合作重点科研项目、青年人才基金、省部共建科研项目以及省科技厅、卫生厅、教育厅和计划生育等研究项目多项，总科研经费达200多万；获浙江省医药卫生创新一等奖和二等奖各一项，浙江省科技进步二等奖一项。在国内外发表论文百余篇，其中SCI收录论文逾30篇；主编出版书籍2本、参编书籍8本。
第五名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-内分泌代谢科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心内分泌代谢科，致力于提高内分泌遗传代谢病的实验室诊断技术，开展了多项内分泌疾病的基因检测项目。科室长期与美国波士顿儿童医院内分泌遗传代谢团队保持着密切的交流和合作关系。
第六名：上海交通大学医学院附属新华医院-儿童内分泌遗传科
上海交通大学医学院附属新华医院儿童内分泌遗传科，目前已经成为国家“211”工程上海交通大学医学院重点学科“儿科学”和上海市教委重点学科“儿科学”的重点专业之一。先后主持国家863项目1项，十一五国家科技支撑计划子课题项目2项，承担国家自然科学基金项目10项，上海市科委、教委项目30多项。研究成果获的上海市科技进步二等奖，国家计生委科技进步二等奖，卫生部医药卫生科技进步三等奖、中国高校自然科学进步二等奖、中华医学奖等。
第七名：广州市妇女儿童医疗中心-生殖内分泌科
广州市妇女儿童医疗中心生殖内分泌科，于80年代开展宫腔镜、腹腔镜检查技术，1994年开展电视腹腔镜手术，1995年先后建立广州地区腹腔镜妇科培训中心，广州市不孕症鉴定中心，1999年开展宫腔镜电切术，临床经验丰富。自2011年起，连续9年举办国家级、省级及市级宫腔镜学习班，充分展示了妇科微创手术（腹腔镜、宫腔镜）的技术、科研与教学实力。
第八名：四川大学华西第二医院-小儿遗传内分泌科
四川大学华西第二医院小儿遗传内分泌科是四川省最早成立以及最大的儿童内分泌遗传代谢诊治中心之一。科室骨干人员先后赴美国费城儿童医院、麻省大学医学院、辛辛那提儿童医院、上海复旦儿科医院、武汉同济医院等国内外著名研究机构和儿童医院深造学习，与国内外多家医疗机构保持密切学术交流。
第九名：中国医科大学附属盛京医院-小儿内分泌科
中国医科大学附属盛京医院小儿内分泌科，是东北地区大型的儿童内分泌疾病诊治中心，也是中华医学会儿科内分泌病学组单位。主治儿童糖尿病、甲状腺疾病、身材矮小、性早熟、肾上腺疾病、尿崩症、性发育异常、肥胖症等内分泌系统和遗传代谢性疾病。
第十名：北京大学第一医院-儿科
北京大学第一医院儿科是我国最早建立起来的现代儿科之一，是国家首批建立的博士点(1981年)和博士后流动站(1992年)、“211工程”重点学科的组成部分(2001年)，连续被评为国家重点学科(1989年， 2001年， 2007年)，是国家级继续教育基地(2003年)、卫生部专科医师培训基地(2005年)及儿科遗传性疾病分子诊断与研究北京市重点实验室(2014年)。2010年儿科重症专业获批卫生部儿科国家临床重点专科，2010年批准儿科肾脏专业为中国首个国际儿科肾脏病学会培训中心。2019年评为第一批全国儿童血液病定点医院和全国儿童实体肿瘤诊疗协作组北京协作组牵头单位。