南方医科大学南方医院擅长感染内科、肾内科、消化内科、血液内科、整形科相关疾病的治疗，科室的综合实力强、诊断技术全面，患者可自行选择就医。
1、感染内科
是华南地区高水平的临床感染病科室，是国家重点学科消化病系（肝病部），拥有肝脏无创纤维化扫描（Fibroscan）、COBAS病毒定量检测等国际先进的诊断技术，多年来致力于慢性肝病尤其是病毒性肝炎的诊治。
2、肾内科
是中国人民解放军肾脏病中心、广东省“五个一工程”重点专科，能完成从核酸到蛋白质水平的基础研究。在急慢性肾功能衰竭的发病机理及并发症的防治以及肾脏替代治疗等方面取得了长足的进展，形成了自己鲜明的专科特色。
3、消化内科
为华南地区乃至全国的优势和特色学科，已形成消化内镜介入诊疗、胃肠道早癌、胃肠动力、炎症性肠病等特色亚专科。内镜中心作为华南地区最大的内镜培训基地，每年诊疗量达40000余例。
4、血液内科
是国内较早成立的血液专科之一，在白血病精准诊治、淋巴瘤/骨髓瘤靶向诊疗、造血干细胞移植及并发症防治、血友病诊疗综合关怀等方面居全国领先及先进水平。
5、整形科
是中国人民解放军烧伤整形外科中心、国家教委博士学位授权点、南方医院重点学科，学科专业水平位居全国前列。
南方医科大学南方医院的检验科、病理科、麻醉医学科也具有先进的技术和强劲的实力，检验科是南方医院重点发展的临床专科之一，承担了医学检验专业医、教、研任务。病理科设备配置齐全、先进，可提高病理技术制片的可靠性与稳定性。麻醉医学科系国内技术力量较为雄厚的麻醉学科之一，是广东省高水平临床重点专科。
