温州市中医院擅长中医妇科、肾病科、康复科、神志病科、肝病科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、中医妇科
是国家中管局“十一五”、“十二五”重点专科，是浙江省重点名科，在中西医结合诊疗不孕症、先兆流产、异位妊娠、多囊卵巢综合征、妊娠合并症及并发症等方面，处于国内领先水平，在国内外享有盛誉。
2、肾病科
是国家中医药管理局中医肾病重点专科、浙江省中医重点学科、温州市十大重点品牌学科，科室以中西医结合治疗糖尿病肾病、慢性肾功能不全、IgA肾病、痛风病等为专科特色，疗效显著。
3、康复科
是国家中管局的“十二五”重点专科、浙江省重点学科，科室集临床、科研、教学、医养结合为一体，医疗设备齐全，服务功能全面，其中现代康复技术处于国内先进水平。
4、神志病科
是国家中医重点专科、温州市重点学科，科室实力雄厚，擅长中西医结合诊治焦虑、抑郁状态等，临床疗效显著，同时学科科研领先，学术及临床影响力覆盖浙南闽北。
5、肝病科
是温 州市最大的肝脏疾病诊疗中心之一，先后被评为温州市最佳中医特色专科、浙江省中医肝病重点专科。科室传承发展中西医结合为特色的理念，形成中医特色方药，结合现代治疗技术和先进设备，对危重疑难病的诊治达到领先水平。