六安市人民医院擅长神经内科、重症医学科、消化内科、呼吸与危重症医学科、内分泌科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、神经内科
是安徽省第三周期临床重点培育专科、六安市临床医学重点学科，是国家脑防委授予的高级卒中中心、安徽省神经内科罕见病联盟常务理事单位。科室在脑血管病综合防治、癫痫等疾病的治疗方面处于全省市级医院领先水平。在省内较早开展颅内血肿微创清除术、脑血管病的介入检查及治疗等，也是省内较早将经颅磁刺激、无创呼吸机治疗OSHAS应用于临床的科室，在省内拥有较高的知名度。
2、重症医学科
是市级临床医学重点学科。科室拥有ECMO、多功能呼吸机等高端进口设备，配有纤维支气管镜、快速血气分析机等先进医疗设备。可常规开展机械通气、镇静镇痛、气管切开术等技术，主要治疗脑血管意外、重度颅脑损伤、各种休克等危重病人。
3、消化内科
是市级重点专科，是安徽医科大学、蚌埠医学院硕士点。科室在省内首家开展小肠功能检测（甲烷氢呼气试验），开展的十二指肠镜的诊断和治疗(ERCP)、胃肠动力检查及早癌诊治等项目，在省内市级医院处于领先水平。擅长诊断和治疗食管、胃肠等各种消化道疾病。
4、呼吸与危重症医学科
是皖西地区呼吸专业龙头学科，是国家药物临床研究实验基地、国家住院医师规范化培训以及临床药师规范化培训临床教学基地。科室各项诊疗技术处于全市领先地位，部分项目达到省内领先水平。
5、内分泌科
是六安市临床医学重点学科，是安徽省糖尿病防治专科联盟单位。科室在全市率先引进了美国先进的实时动态血糖监测和胰岛素泵强化治疗系统。率先在全市开展超声引导下甲状腺结节负压细胞学穿刺，为甲状腺疾病的个体化精准治疗提供依据。对于糖尿病、甲状腺疾病等的诊疗在省内市级医院处于领先水平。