深圳不孕不育专科排名第一的是深圳市人民医院，该医院的生殖医学科发现了精子成熟度障碍是导致孕早期自发性流产、胚胎停育的致病因素，获得17项国家发明专利。其他排名靠前的还有深圳市第二人民医院、北京大学深圳医院等，前者的妇产科是深圳市“三名工程”（A类）立项单位；后者的生殖医学科是广东省首批、深圳市第一家获资质开展试管婴儿技术的中心。
第一名：深圳市人民医院-生殖医学科
深圳市人民医院生殖医学科的业务范围为生殖医学和计划生育。获得17项国家发明专利，深圳市科技进步成果奖1项，发现了精子成熟度障碍是导致孕早期自发性流产、胚胎停育的致病因素，并制定了相应的临床诊疗方法；熟练掌握了各种男性不育症病因的实验诊断流程、临床应用方案及生殖实验诊断方法学体系。成功举办了三届省级、国家级继教项目《男性不育实验诊断与治疗临床路径研讨班》。
第二名：深圳市第三人民医院-妇产科
深圳市第二人民医院妇科，是卫生部妇科腔镜培训基地、国家规范化住院医师医生培训基地、深圳市“三名工程”（A类）立项单位、华中科技大学同济医学院附属同济医院马丁院士工作站单位。现有妇科肿瘤、妇科内分泌、宫颈疾病、女性盆底疾病、女性生育力保护5个亚专业。科室为卫生部妇科腔镜培训基地，开展腹腔镜下套扎术剔除巨大子宫肌瘤、妇科双极气化电切宫腔镜、全高清宫腔镜冷切手术系统下宫腔镜手术。擅长治疗不孕症、子宫肌瘤等疾病。
第三名：北京大学深圳医院-生殖医学科
北京大学深圳医院生殖医学科2002年成为广东省首批(共3个单位)，深圳市第一家获资质开展试管婴儿技术的中心。现为深圳市医学会生殖医学分会主任委员单位，广东省医学会生殖医学分会副主委单位，广东省人类辅助生殖技术质控中心副主任单位。2018年牵头组建深圳生殖医医学专科联盟，构建不孕不育与生殖遗传诊疗平台。
第四名：深圳市第二人民医院-生殖医学科
深圳市第二人民医院生殖医学科，是医院重点发展的科室，2007年通过广东省卫生厅评审，获准正式开夫精人工授精（AIH）技术，成为深圳市正式开展人类辅助生殖技术的医院之一。2017年9月获准筹建开展常规体外受精-胚胎移植及卵胞浆内单精子显微注射技术。主持国家自然科学基金2项，国家基金面上项目及青年基金一审评审专家。近年在国内外学术期刊公开发表论文30余篇。获国家实用新型发明专利2项。
第五名：中山大学附属第八医院-妇产科
中山大学附属第八医院妇产科是与特区一起发展壮大起来的集临床、教学、科研为一体的现代化医学科室，目前已建成集医、教、研、康复、预防为一体的临床重点专科，是福田区孕产妇急危重症救治中心。科室重视教学及科研发展，共获得政府科研基金2项，同时作为中山大学深圳院区实习基地，承担中山大学实习生、研究生教学工作。可开展不孕症、月经不调等工作。
第六名：中山大学附属第七医院-生殖医学中心
中山大学附属第七医院生殖医学中心，是中山大学附属第七医院的特色学科之一，是集医疗、教学和科研于一体的学科。中心马琳教授带领的医教研团队，人才梯队合理，技术力量雄厚，承担国家自然科学基金、广东省自然科学基金、广东省科技厅及广东省卫生厅等各级资助科研项目多项，发表多篇SCI及核心期刊论文。
第七名：香港大学深圳医院-生殖中心
香港大学深圳医院生殖中心是深圳市生殖医学重点培育学科，设有女性不孕不育与辅助生殖技术、妇科内分泌与不孕症、生殖微创手术、反复流产、反复胚胎移植失败、多囊卵巢、男科、男科内分泌、生殖男科微创手术等亚专科，可进行常规体外受精-胚胎移植、卵胞浆内单精子显微注射等。同时培训达国际水平的生殖医学专家，使港大深圳医院、深圳乃至周边地区的生殖医学科达到国际水平。
第八名：深圳市罗湖区人民医院-生殖医学科
深圳市罗湖区人民医院生殖医学科创建于1998年，是深圳市卫生系统首家全面开展辅助生育技术的生殖医学中心。诞生了深圳市卫生系统第一例“第一代、第二代”试管婴儿，诞生了广东省第一例“三冻”试管婴儿。作为罗湖区重点学科，中心现有专业技术人员161名，其中高级职称、博士、硕士50余人。先后获批国家、省、市等科研课题多项。
第九名：深圳市宝安区人民医院-生殖医学科
深圳市宝安区人民医院生殖医学科拥有从事妇产科生殖医学专业多年、临床经验丰富的学科带头人，团队的每一位工作人员都经过了严格的生殖医学不孕不育专科知识的培训。2023年科室开展中药穴位贴敷、中药热奄包外敷、针灸疗法、耳穴压豆和中药熏洗等治疗，适用于卵泡发育不良、排卵障碍、月经不调、妊娠剧吐、慢性盆腔炎、子宫内膜异位症、药流不全、宫腹腔镜术后盆腔粘连等疾病。治疗效果显著，深受患者好评。