上海感染内科比较好的医院推荐的是复旦大学附属华山医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海市公共卫生临床中心。
复旦大学附属华山医院 感染病科是国内标杆性科室，底蕴深厚且科研临床双强。上海交通大学医学院附属瑞金医院 感染科历史悠久，重症肝炎领域享誉海内外。上海市公共卫生临床中心 感染科特色鲜明，中枢神经系统感染诊治水平领先。
1、复旦大学附属华山医院 感染病科
创建于1955年，由我国临床微生物学奠基人戴自英教授创立，是国家首批博士点、国家重点学科，入选“211”重点工程。现任科领导为张文宏等知名教授，学科科研实力雄厚，承担多项国家重大攻关课题，获20余项国家级、省部级科技奖。擅长病毒性肝炎个体化治疗、中枢神经系统感染、发热待查及新发感染性疾病诊治，分子生物学诊断技术领先，是国内重要的感染病临床医疗中心。
2、上海交通大学医学院附属瑞金医院 感染科
始建于1930年，历史悠久，是国内综合性教学医院中规模领先的感染科。作为国家多期攻关课题组长单位，在重症肝炎发病机制及治疗研究领域居全国乃至世界领先，获卫生部嘉奖。同时在病毒变异、病毒性肝炎耐药检测、肝移植术后肝炎复发等研究方面成果突出，是全球多中心临床药理基地，积极拓展艾滋病诊疗研究，科研与临床实力雄厚。
3、上海市公共卫生临床中心 感染科
专注收治各类经典传染性疾病，擅长中枢神经系统感染、发热待查、寄生虫感染及原发免疫缺陷病的基因诊断与治疗，同时承担新发突发传染性疾病诊治任务。在中枢神经系统感染诊治方面形成特色品牌，科学制定个体化治疗方案，显著降低致死致残率，同时承担多所高校本科教学及全市、全国感染科相关规范化培训任务，教学实力突出。
4、复旦大学附属中山医院 感染病科
创立于2014年，以疑难复杂细菌真菌及耐药菌感染、发热待查为核心特色，打造国内首个“诊断-治疗-预防”一体化大感染模式。是国家卫健委细菌真菌感染诊治培训基地、欧洲临床微生物与感染病学会中国协作中心。在胡必杰教授带领下，拥有全国领先的病原学检测技术，牵头编写多项行业共识，主办全国极具影响力的学术论坛，诊疗范围辐射全国。
5、上海交通大学医学院附属仁济医院 感染科
成立于2004年，是浦东新区示范性感染病治疗中心，新冠疫情后成为感染防控中坚力量。以免疫低下感染为临床特色，在多重耐药菌感染、肠道来源感染及肺部复杂感染等危重症救治方面经验丰富。建有微生态诊疗中心，规范难治性艰难梭菌感染治疗，开展多项相关疾病临床研究，配备先进急救设备，可高效完成危重患者救治，综合诊疗能力稳步提升。
