北京中医药大学东直门医院擅长的科室有心血管病科、呼吸科、肾病内分泌科、脾胃病科、脑病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管病科
北京中医药大学东直门医院心血管病科历经数十年的辉煌发展，成为全国著名的中西医结合心血管专业临床与科研培训基地、国家心血管专业临床药理基地。近年成为北京中医药大学心血管病研究所、中华中医药学会介入心脏病学专家委员会主任委员单位、国家中医药管理局中西医结合临床重点学科建设单位。
2、呼吸科
北京中医药大学东直门医院呼吸科是国家中医药管理局重点学科、重点专科，全国名老中医药专家武维屏传承工作室建设单位，北京中医药薪火传承“3+3”工程武维屏名医传承工作站建设单位，教育部重点学科中医内科学的重要部分，是医院重点发展的中心之一。
3、肾病内分泌科
北京中医药大学东直门医院肾病内分泌科为国家中医药管理局肾病重点专科和内分泌重点学科建设单位，科室具有多台诊疗仪器设备。科室具有特需专家门诊、专科专病门诊、病房、实验室、研究室，并与血液净化中心、泌尿外科共同组成肾病中心，为糖尿病肾病等慢性肾脏病患者提供慢性肾脏病一体化治疗服务。
4、脾胃病科
北京中医药大学东直门医院脾胃病科（原消化内科）有着悠久、辉煌的历史。科室作为中医内科重点科室之一，是脾胃病国家中医重点专科（国家卫计委）、国家中医药管理局华北地区中医肝病区域诊疗中心、重点专科、重点学科建设单位，是世界中联肝病专业委员会、北京中医药大学肝病研究所挂靠单位。
5、脑病科
北京中医药大学东直门医院脑病科是全国中医系统内较早成立的神经内科，脑病团队在脑血管病、偏头痛、眩晕/头晕、多发性硬化、运动神经元病、帕金森病等神经系统常见病及疑难病的中医临床和科研水平逐步提升。脑病科秉承中西医并重的诊疗理念，内外合治、针药并用诊治神经系统急危重症及疑难疾病，是集预防、治疗、康复为一体的综合临床科室。
