中国人民解放军第八一医院擅长的科室有儿科、肿瘤内科、口腔科、眼科等。
1、儿科
中国人民解放军第八一医院儿科设有小儿内科病区、儿科门诊等，可开展儿童保健系统管理、儿童智力筛查等。并开展小儿厌食症、儿童矮小症、小儿肥胖症等特色诊治。科室在南京地区率先开展特异性免疫疗法（脱敏治疗），取得较好疗效。在国内最早报告卡他布来汉氏菌在小儿呼吸道系统感染疾病中的研究。在省内最先开展柯萨奇病毒、埃可病毒在小儿呼吸道及消化道感染疾病中的研究，先后获科技进步奖三等奖3项。
2、肿瘤内科
中国人民解放军第八一医院肿瘤内科建科于1974年，是肿瘤中心最早成立的骨干科室。现已建设成为技术力量雄厚，集医疗、科研、教学于一体的重点学科，在国内外享有盛誉。科室规模在华东地区处于领先水平，尤其是消化系统恶性肿瘤、骨转移癌的药物治疗以及恶性肿瘤的局部微创治疗等处于国内领先水平。
3、口腔科
中国人民解放军第八一医院口腔科设有口腔治疗室、口腔修复室、口腔正畸室、口腔种植室等。口腔科所有医务人员均为经过正规院校培训的专业口腔医生，其业务范围为牙体、牙髓、尖周和牙周疾病的诊断治疗，口腔黏膜疾病的诊断治疗，口腔颌面部炎症、损伤、肿瘤、畸形等疾病的诊断治疗，三叉神经痛、颞颌关节功能紊乱的诊断治疗等。
4、眼科
中国人民解放军第八一医院眼科为院内重点科室，科内人员结构合理，设备齐全，设有全日制门诊、专科门诊、特色门诊、专家门诊和功能齐备的眼科住院部。可诊治各类眼科疾病，尤其眼视光疾病、白内障、眼底病、眼部肿瘤和整形等领域形成专科特色，在江苏地区优势明显。眼科还常年开展眼表疾病诊治（各类角膜炎等）、青光眼诊断及手术、视网膜脱离手术复位、角膜移植等。