肇庆市三甲医院有肇庆市第一人民医院、肇庆市中医院、中山大学附属第三医院肇庆医院等。肇庆市第一人民医院为肇庆市最大的综合性医疗机构，新生儿科、骨科等在省内、市内都保持着较强的优势。肇庆市中医院有国家中医药管理局“十一五”重点专科建设项目1个，广东省中医名科1个。中山大学附属第三医院肇庆医院是国内一流的非营利性综合医院。
第一名：肇庆市第一人民医院
肇庆市第一人民医院是一所集医疗、护理、教学、科研、预防、保健、康复于一体的综合性医院。作为肇庆市最大的综合性医疗机构，医院不仅科室设置齐备，专科建设也各具特色，新生儿科、骨科、高血压、糖尿病等多个特色专科在省内、市内都保持着较强的优势。“急性脑梗塞动脉溶栓术”等四个项目被作为国家“九五”、“十五”攻关计划重点课题，被卫生部评定为“颅内血肿微创穿刺粉碎清除术全国研究与推广协作组协作医院”。
第二名：肇庆市中医院
肇庆市中医院是一所集医疗、科研、教学、保健为一体的地市级综合性中医院、国家三级甲等中医医院。肇庆市中医院充分发挥传统中医特色，重视重点专科建设，开设中医特色专科专病门诊40多个，目前有国家中医药管理局“十一五”重点专科建设项目1个，广东省中医名科1个，广东省中医重点专科3个，广东省中医重点专科建设单位1个。
第三名：中山大学附属第三医院肇庆医院
中山大学附属第三医院肇庆医院是按照三级甲等综合性医院标准建设的一所集医疗、预防、保健、康复、教学、科研于一体的国内一流的非营利性综合医院。医院学科门类齐全，专科特色明显，首期设置临床科室、医技科室24个，设有门诊医技楼、住院楼、行政综合楼、后勤楼、感染楼、高压氧舱。
第四名：肇庆市第二人民医院
肇庆市第二人民医院是一所公立三级综合医院，是广东省儿童心理卫生保健服务示范单位。其中心内科是2013年广东省重点扶持建设临床专科，现有市级中心1个，市重点专科8个，即骨外科、泌尿外科、心内科、神经内科、妇科、产科、呼吸内科、康复科，特色专科3个，包括儿童保健科、病理科、临床护理。
第五名：怀集县人民医院
怀集县人民医院是一所三级综合医院，医疗服务覆盖各个方面。目前各专科基本形成了自己的特色和优势，其中泌尿外科、临床护理、骨科、新生儿科、妇科、急救医学科、呼吸内科等7个学科为肇庆市临床医学重点学科，骨科、普外科、ICU、肾内科、心血管内科、康复医学科、检验科等7个学科为肇庆市临床医学特色专科。急救中心、ICU、MICU、医学康复中心、血液净化部、碎石治疗中心等已发展成为区域性医疗中心。
第六名：端州区妇幼保健院
端州区妇幼保健院是集妇幼保健、医疗、教学、科研四位一体的专科医院，2011年医院成功创建三级乙等妇幼保健院，成为全市首家三级妇幼保健院。设有产科、妇科、普通儿科、新生儿科、保健科、乳腺疾病专科、小儿外科、麻醉手术科、内科、检验科、医技科、药剂科、病理科、五官科、口腔科、眼科、中医科等科室，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
第七名：肇庆高要区人民医院
肇庆市高要区人民医院是一所具有百年历史，集医疗、科研、教学和预防为一体的综合医院，科室设备齐全、技术力量雄厚，曾被广东省卫生厅授予“广东省优质护理服务示范医院”、“癌痛规范化治疗示范病房”称号，还被评为全国综合医院中医药工作示范单位。