福建医科大学附属第二医院擅长的科室有内分泌科、心血管内科、肾内科、呼吸与危重症医学科、泌尿外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、内分泌科
福建医科大学附属第二医院内分泌科1987年正式成立内分泌专科，建立了福建省内最早的糖尿病研究室。在临床、教学、科研等方面均具备雄厚的综合实力，是处于省内大型医院第一方阵的内分泌专业团队。
2、心血管内科
福建医科大学附属第二医院心血管内科是闽南地区知名的心血管病专科，是闽南地区心血管病的主要防治中心。2019年开展了心房颤动冷冻球囊消融术和希氏束、左束枝区域起搏手术，起搏器治疗水平达到了省内先进水平。2020年开展心房颤动消融+左心耳封堵术的一站式治疗，达到了省内先进水平。
3、肾内科
福建医科大学附属第二医院肾内科在国内率先报道了慢性肾功能不全、肾性高血压、肾素系统改变和治疗应慎用巯甲丙脯酸，为临床循证医学提供理论依据和实践经验。率先对狼疮性肾炎使用生命质量表随访及评价环磷酰胺冲击治疗结果。在省内建立第一个肾脏专业研究室，率先开展肾小球系膜细胞培养技术、对肾小球系膜细胞增生治疗的干预因素进行研究。
4、呼吸与危重症医学科
福建医科大学附属第二医院呼吸与危重症医学科是医院的重点学科，学科综合实力处于省内领先、介入呼吸病学亚专科水平处于国内先进。是国家临床重点专科、福建省呼吸医学中心。较早在福建省内开展了一系列支气管镜下诊疗新技术，包括硬质支气管镜、TBNA、各种气道内支架放置及取出术等，为良恶性气道狭窄的患者提供了全面丰富的治疗手段。
5、泌尿外科
福建医科大学附属第二医院泌尿外科依托福建医科大学的技术力量，集医、教、研为一体，历史悠久，不断探索，开拓创新，在微创手术、泌尿外科、男科学的各个方面，有较多技术强项。1980年开展的经尿道前列腺电切术（TURP），目前已有近20000例，为省内领先，也逐渐发展为多样化的经尿道前列腺治疗，如：经尿道电汽化切割术、前列腺记忆合金支架置入术等。