南通三级甲等医院排名较好的有南通大学附属医院、南通市中医院、南通市第一人民医院等。南通大学附属医院连续第三年进入STEM年度“百强榜”，国考位列全国54，江苏第4。南通市中医院先后获得“全国红旗单位”“全国医药卫生先进集体”等荣誉称号。南通市第一人民医院是国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地。
第一名：南通大学附属医院
南通大学附属医院是首批三级甲等综合性医院之一。2021年度全国三级公立医院绩效考核国家监测指标考核结果显示，医院位列全国第54名、江苏第4名。在中国医学科学院发布的2021年度中国医院科技量值（STEM）暨五年总科技量值（ASTEM）排行榜中，医院别以全省第4名、全国第73名和第63名进入全国双百强，这是该院连续第三年进入STEM年度“百强榜”。
第二名：南通市中医院
南通市中医院是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一，先后获得“全国红旗单位”“全国医药卫生先进集体”“国家中医药管理局创先争优先进集体”“南通市十佳医院”等称号。医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显着，为患者提供优质的诊疗服务。
第三名：南通市第一人民医院
南通市第一人民医院一所集医教研及健康管理于一体的国家三级甲等综合性医院，也是国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地。先后荣获全国红十字先进集体、全国卫生系统先进集体、全国改善医疗服务先进单位、全省卫生健康系统先进集体等荣誉称号。
第四名：南通市肿瘤医院
南通市肿瘤医院是一所全民所有制的三级甲等肿瘤专科医院，是江苏省首个地市级癌症防治中心。根据《医院蓝皮书：中国医院竞争力报告（2023）》显示，“2022届肿瘤医院80强”中该医院在全国部、省、地市级肿瘤医院排名第29名，位列地市级肿瘤医院第1名。
第五名：南通市第三人民医院
南通市第三人民医院为集医教研于一体的三级甲等医院，是全国综合医院中医药工作示范单位、国家级住院医师规范化培训基地。拥有省级临床重点专科、市级临床医学中心、市级医学重点学科等。传染病学连续3年进入中国医院科技量值排行榜100强。
第六名：南通市精神卫生中心
南通市精神卫生中心是一所“综合科室齐全 精神专科领先”的三级甲等专科医院。开设精神科、临床心理科、老年精神科等科室，还设有南通市心理咨询中心、南通市精神司法鉴定所和南通市120急救分站，可满足不同患者的就诊需求。
第七名：南通市妇幼保健院
南通市妇幼保健院是一所三级甲等妇幼保健院。医学专家荟萃，人才优势明显。拥有江苏省妇幼保健重点学科、市级临床重点专科等。在2018年全国三级公立医院绩效考核中，医院位列全国三级公立妇产科类医院第九名，2019年位列第八名，稳居第一方阵。
第八名：南通市口腔医院
南通市口腔医院为南通地区唯一一所公立口腔专科医院，临床科室设置齐全，拥有牙体牙髓黏膜病科、牙周病科、正畸科、儿童口腔科等南通市临床重点专科，先后被评为“创建文明卫生行业示范点”、“南通市文明单位”等，深受患者的好评。
第九名：海安市人民医院
海安市人民医院，现已发展成为技术力量雄厚、设备先进、功能齐全、管理一流、花园式的三级综合性医院、爱婴医院、南通大学附属医院。医院先后被评为省爱国卫生先进单位、省文明医院、省十佳医院、省卫生系统先进集体、全国卫生系统先进集体。医院先后开展永久性人工起搏器植入术、心脏电生理检查与射频消融、冠状动脉造影及支架植入等微创手术。
第十名：海门市人民医院
海门市人民医院，是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级综合医院，是南通大学教学医院、扬州大学教学医院、国家级住院医师规范化培训协同基地、江苏医药职业学院海门临床学院，环境优美，设施先进，拥有“花园医院”的美誉。医院建有国家级的“胸痛中心”（标准版）、南通市级的创伤救治中心、海门区孕产妇危急重症救治中心、新生儿危急重症救治中心及中国卒中中心联盟成员单位。