广州医科大学附属第一医院擅长呼吸内科、胸外科、变态反应科、重症医学科、泌尿外科，这5个科室均为国家级重点专科，深受广大群众信赖，享誉海内外。
1、呼吸内科
蝉联复旦专科声誉榜榜首，已发展成为综合实力雄厚、堪称国内领先、国际一流的呼吸病学临床诊疗中心。科室在学科总带头人钟南山院士的带领下，形成感染性疾病治疗组、慢性气道疾病治疗组等11个具有强大处理疑难危重症能力的专业组，在多个领域拥有多项特色技术，每年诊治大量的疑难重症呼吸病患者。
2、胸外科
科室由何建行教授带队，其团队在早期肺癌的筛查及诊断（早期肺癌治愈率几乎达到80%）、个体化微创肺癌诊疗（降低了40%术后并发症，使肺癌手术患者生存期平均提高了3.5个月）。科室在国际上率先提出了“无气管插管、无胸腔引流管、无尿管”的全新“无管微创手术”理念，将部分胸外科手术革命性进化为日间手术，即24小时内出、入院。
3、变态反应科
科室由钟南山院士创建，以过敏性鼻炎和支气管哮喘的治疗与预防为主要任务，联合多学科合作进行难治性哮喘、过敏性鼻炎-鼻窦炎等与过敏免疫相关的呼吸道和肺部的疑难疾病诊治研究，具有较高的国际影响力。
4、重症医学科
是华南地区最具规模、最先进的重症监护医学中心之一，同时也是国家重点学科和国家重点实验室的依托单位之一，在重症肺炎、AECOPD、急性呼吸道传染性疾病、急性呼吸窘迫综合征和多器官功能衰竭等疾病诊治具有丰富的经验。
5、泌尿外科
是广东省医学会泌尿外科分会主任委员单位，国际尿石症联盟（IAU）的依托单位，在国内率先发展微创泌尿外科技术，是中华医学会泌尿外科分会首个尿石症病因学诊断与防治基地。
