北京甲状腺科医院排名靠前的是北京协和医院基本外科、中国人民解放军总医院普通外科医学部、中日友好医院乳甲外科等，北京协和医院基本外科连续两年位列复旦版全国普通外科专科综合排名第1，是与医院院龄相同的核心科室，为普外领域全国疑难重症疾病诊治中心；中国人民解放军总医院普通外科医学部连续两年位列复旦版全国普通外科专科排名第4，下设专门的甲状腺（疝）外科亚专科，现有高职专家68名，整体技术达到国际一流水平；中日友好医院乳甲外科在腔镜甲状腺手术、继发性甲状旁腺功能亢进外科治疗等领域技术优势突出，诊疗水平国内领先。
1、北京协和医院 基本外科
该科室成立于1921年，是与北京协和医院院龄相同的核心科室之一，在我国医学史上有着辉煌业绩，先后涌现出曾宪九、朱预、费立民、赵玉沛等一批全国乃至国际闻名的医学专家。早在上世纪80年代，科室就在国内最早细化拆分亚专业组，为甲状腺等各亚专业方向的深耕发展奠定了基础。经过数代人的积累，科室目前开放病床158张，配套2个分子生物学实验室，拥有结构合理、素质优秀的人才梯队，多名专家在中华医学会及国内外权威医学期刊担任重要职务，现已成为涵盖甲状腺疑难疾病在内的普外领域全国疑难重症诊治中心。
2、中国人民解放军总医院 普通外科医学部
该科室2020年6月正式挂牌成立，2021年位列全国专科综合排名第4、2022年位列全国专科声誉排名第4，科室下设腹部创伤外科、胃外科、结直肠外科、甲状腺（疝）外科、乳腺外科5个亚专科，实现了甲状腺等疾病的专业化诊疗。科室人才储备雄厚，现有高职专家68名；技术实力过硬，在国际上率先提出胃癌肝转移临床分型，达到国际一流水平。科研成果积淀深厚，近年来累计获得国家科技进步二等奖1项，军队、省部级一等奖4项，省部级二等奖8项，为甲状腺疾病的规范化、高精尖诊疗提供了坚实的科研与技术支撑。
3、中日友好医院 乳甲外科
该科室成立于2010年，历经普外二部、普外科乳腺甲状腺专业组等发展阶段，甲状腺疾病诊疗方向始终保持稳定。科室人才梯队结构清晰，多名专家在中国医师协会、中国研究型医院学会等国家级学会的甲状腺疾病相关专业委员会担任委员职务，科室配备超声、立体定位卧式钼靶机、乳腺微创旋切刀等设备，是北京地区较早应用立体定位卧式钼靶机且应用例数较多的单位；在甲状腺诊疗领域，较早开展腔镜下颈部无疤痕甲状腺手术，累计完成数千例，继发性甲状旁腺功能亢进症相关手术累计完成1000例左右，疗效国内领先。
4、首都医科大学附属北京友谊医院 普外科
该科室获2023年全国专科声誉排名提名，是国家消化系统疾病临床医学研究中心、国家临床重点专科，也是首都医科大学普通外科学系主任委员单位、北京市医管局扬帆计划重点医学专业，下设包含甲状腺乳腺外科在内的5个亚专科，年门急诊量13余万人次，年手术量6500余台，平均住院日5.9天，综合运营效率与诊疗实力突出。在甲状腺疾病诊疗领域，科室开展大量腔镜甲状腺手术、术中神经监测等微创技术，处于国内领先水平。科研方面，科室近年来主持国家“十二五”科技支撑计划项目1项、国家自然科学基金20余项、省部级科研项目30余项，获国家及省部级科研成果奖10余项，发表SCI论文100余篇，行业影响力广泛。
5、北京大学第一医院 甲状腺乳腺外科
该科室前身为普通外科乳腺甲状腺专业，有着百余年发展历史，2007年起实现甲状腺、乳腺疾病的专业化诊治，形成了规范的临床路径，可对甲状腺、乳腺良恶性疾病开展综合、个体化诊疗。在甲状腺疾病诊疗方面，学科年收治甲状腺良恶性肿瘤300余例，常规开展甲状腺癌根治、甲状腺腺瘤切除、结节性甲状腺肿部分切除、甲状旁腺腺瘤切除等手术，临床经验丰富，患者治疗效果满意。科室专家团队行业影响力突出，首席专家刘荫华教授任中华医学会外科学分会乳腺外科学组组长，牵头制定我国第一部乳腺外科临床实践指南，推动国内甲乳外科诊疗规范化进程；科室建立多学科协作机制，联合影像、病理、核医学等科室，以患者利益为中心定制最优诊疗方案。
