广州市第一人民医院南沙医院擅长泌尿外科、妇产科、儿科、皮肤科、中医科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、泌尿外科
广州市第一人民医院南沙医院泌尿外科技术力量雄厚，专科设备齐全，对各种常见病、多发病的诊断全面细致、治疗手段多样，取得了令患者非常满意的效果。拥有自己的三大特色技术，分别是：治疗排尿功能障碍（如各种排尿困难、尿频、尿急、尿失禁等）临床技术、泌尿男生殖系肿瘤（如肾癌、膀胱癌、前列腺癌等）专业诊治以及泌尿系结石（如各种复杂肾结石、输尿管结石、膀胱结石等）的诊疗新技术。
2、妇产科
广州市第一人民医院南沙医院妇产科已有百年历史，是集医疗、保健、教学、科研为一体，以诊治妇产科常见病、多发病和疑难病症为重点的三级甲等妇产专科。专业学科齐全，治疗手段完备，技术力量雄厚，拥有先进的医疗设备，部分专业学科实力在国内处于领先地位。主要分妇科与产科两大病区，设有普通妇科、妇科肿瘤、计划生育和生殖内分泌、妇科微创医学、介入治疗、产科、高危产科等特色专科。
3、儿科
广州市第一人民医院南沙医院儿科创建于1950年，是专门从事儿童疾病的诊断、治疗、预防、保健、教学和科研的综合性科室，是国家住院医师规范化培训基地，广东省临床重点专科，华南理工大学、暨南大学和广州医科大学研究生培养基地，具备一流的人才、顶尖的技术、先进的设备和现代化的管理，在全国、广东省和广州市儿科学术界和围产医学界发挥重要影响力。
4、皮肤科
广州市第一人民医院南沙医院皮肤科门诊部设有专科实验室、激光手术室、腋臭手术室、性病专科诊室及治疗室，病房建有皮肤治疗室、光化学治疗室，及药物薰蒸治疗室。住院部主要收治皮肤疑难重症疾病、少见病及顽固性疾病，如重症药疹、重症多形红、严重的湿疹接触性皮炎等。
5、中医科
广州市第一人民医院南沙医院中医科全年门诊量占全院门诊总量较大的比重，中医科门诊现开设中医内科、针灸、骨伤科，病房主要收治各种心脑血管、消化系统及其他内科常见病种。拥有完善的理疗康复设备，对脑血管瘫痪病人开展康复新技术治疗，如康复功能指导训练、步态训练、语言训练、转移训练等，同时配合自制的中药极大促进了患者的功能康复，得到广大患者的欢迎。