内蒙古林业总医院擅长的科室有血液肿瘤科、耳鼻喉科、泌尿外科等。
1、血液肿瘤科
内蒙古林业总医院血液肿瘤科，对常见血液病如再障急慢性白血病、原发性血小板减少性紫癜、过敏性紫癜、各类贫血的诊断与治疗在呼伦贝尔地区处于领先水平。独立的血液实验室，能开展骨髓形态学及组织化学染色检验。成功开展干细胞移植、诊疗急性白血病。对罕见、疑难血液病能作出正确的诊断与治疗；在乳腺癌、肺癌、食管癌、胃癌以及恶性淋巴瘤、卵巢癌、大肠癌等化疗方面积累了丰富的临床经验。
2、耳鼻喉科
内蒙古林业总医院耳鼻喉科，除开展耳鼻喉常见、疑难疾病的诊断治疗外，近几年在呼伦贝尔市还率先开展了喉癌手术（垂直半喉切除术、全喉摘除术、水平半喉切除术、3/4喉大部分切除术、阔筋膜在部分喉切除术后修补的应用、根治性颈廓清术、选择性颈廓清术）、鼻侧切开术、鼻腔鼻窦内窥镜微创手术、支撑喉镜下喉显微外科手术、改良鼻鼾症手术、纤维支气管镜下手术。
3、泌尿外科
内蒙古林业总医院泌尿外科，相继开展了肾癌根治术肾上腺肿瘤切除 术输尿管肿瘤根治术、膀胱肿瘤全膀胱切除术以及前列腺病、阴茎癌根治术、肾结核的外科治疗等方面积累了较丰富的临床经验。率先开展了经尿道前列腺汽化电切术、经尿道膀胱肿瘤电切术、腹腔镜下精皮静脉高位结扎术、肾囊体去顶减压术、肾上腺腺瘤切除术，以及膀胱镜下膀胱碎石术、体外震波碎石术等多项微创手术。