湖州医院排名靠前的是中国人民解放军陆军第七十二集团军医院、湖州市中心医院、湖州市第三人民医院等，其中中国人民解放军陆军第七十二集团军医院拥有1个全军专病中心、3个南京军区专科中心；湖州市中心医院在全国三级公立医院绩效考核中位列A+，连续10年入围中国地级城市医院竞争力百强；湖州市第三人民医院拥有1个省市共建医学重点学科，7个市级重点学科。
第一名：中国人民解放军陆军第七十二集团军医院
中国人民解放军陆军第七十二集团军医院是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性“三级甲等”医院。医院学科优势明显，共设35个临床、医技科室，其中1个全军专病中心（创伤骨科修复重建），3个南京军区专科中心（颅脑创伤、麻醉与重症、皮肤美容整形），6个二级学科为硕士学位授权点（骨科、脑外科、心内科、麻醉科、皮肤科、检验科）。
第二名：湖州市中心医院
湖州市中心医院拥有5个浙江省重点扶持/共建学科，5个浙江省区域专病中心，3个市级重点学科群，4个市级高峰学科，19个市级重点学科；1个省级中医药重点实验室、4个市级重点实验室。拥有6个国家级中心，6个院士工作团队和1个大国工匠工作站。在全国三级公立医院绩效考核中位列A+，连续10年入围中国地级城市医院竞争力百强。
第三名：湖州市第三人民医院
湖州市第三人民医院是浙江省首批三级甲等精神病专科医院，医院有包括ICU在内的病区20个，精神病学（含各亚专业）是省市共建医学重点学科、心身医学是市高峰学科建设项目、精神病学（生物精神病方向）是市医学重点支撑学科；普通精神科、心身障碍科、老年精神科、锥体外系疾病、老年病科、临床心理学和免疫学是市级重点学科。
第四名：湖州市中医院
湖州市中医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等中医医院，拥有“国家级”建设专科及项目3个：外科为国家中医药管理局“十一五”重点专科，推拿科为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目，治未病中心为国家中医药管理局中医药预防保健及康复与临床服务能力建设项目；有中西医结合肿瘤内科等省级重点学（专）科12个；针灸推拿科等市级重点学（专）科13个。
第五名：湖州市妇幼保健院
湖州市妇幼保健院是一所集医疗、教学、科研、妇幼保健与计划生育技术指导于一体的三级甲等妇幼保健院，目前建成省市共建医学重点学科1个（产前诊断）、市医学重点学科7个（妇科学、产科学、妇科腔镜、产前诊断、生殖医学、乳腺病和新生儿重症监护）、在建市医学高峰学科1个（围产医学）、市中医药重点专科1个（中医妇科学）和5个院级重点学科。
第六名：湖州市第一人民医院
湖州市第一人民医院开设内、外、儿、骨科、传染科等18个病区，其中五官科、骨科、泌尿外科、肾内科、眼科、内分泌科、肝胆胰外科、麻醉科、急诊科、心内科等被确定为市级医院重点发展学科。医院在肝肾移植、椎间盘镜和关节镜手术、腹腔镜手术、异体肌腱移植、肝脏肿瘤、慢性肾炎肾衰的治疗，以及创伤急救等领域均走在全市的前列。
第七名：长兴县人民医院
长兴县人民医院是长兴县域范围内唯一的三级乙等综合性公立医院，拥有浙江省县级龙头学科2个（呼吸病学、骨外科学），湖州市重点支撑学科1个，湖州市重点扶持学科2个，湖州市重点学科2个，浙江省县市级重点专科1个，长兴县重点学科9个。
第八名：浙江省皮肤病防治研究所
浙江省皮肤病防治研究所是一所集医疗、预防、培训于一体，技术力量雄厚、特色专科突出、综合学科齐头并进的省级公立医疗机构。开设皮肤性病科、理疗美容中心、内科、消化诊疗中心、外科、皮肤整形外科、妇科、中医理疗中心、口腔诊疗中心、健康管理中心等临床科室；检验、病理、放射、彩超、心电图、胃镜等医技科室。在各种常见和疑难皮肤病治疗方面积累了丰富经验。
第九名：长兴县妇幼保健院
长兴县妇幼保健院是一家集医疗、保健、预防、教学、培训为一体的非营利性三级乙等妇幼专科医院。先后获国家级爱婴医院、省级文明单位、省妇幼保健先进集体、省级平安医院、省级绿色医院、省级卫生先进单位等荣誉称号。产科为湖州市重点医学龙头学科，产科、微创妇科、新生儿科为县级医学重点学科。为乳腺癌、妊娠期梅毒防治国家级项目单位。
第十名：浙江鑫达医院
浙江鑫达医院按三级综合医院标准投资建设，以“大专科、强专科、小综合”为特色，重点发展肿瘤治疗中心、康复医学中心、心肺病中心、妇科及生殖中心、重症医学科、微创骨科、微创外科、老年病医学等学科。