包头医学院第一附属医院擅长的科室有肾内科、风湿免疫科、骨科、神经外科、介入治疗科等。
1、肾内科
包头医学院第一附属医院肾内科是国家临床重点建设专科。设有病房、KICU、血液透析中心、腹膜透析中心、肾脏病理室、肾内科实验室。形成了原发性肾小球疾病、继发性肾脏病（糖尿病肾病/高血压肾病）、自身免疫性肾病、急性肾损伤/小管间质性肾病、肾脏病理、血液透析、腹膜透析、危重症肾脏病/CRRT等亚专业。
2、风湿免疫科
包头医学院第一附属医院风湿免疫科，开设了骨质疏松门诊、痛风门诊、免疫-妊娠门诊、免疫-间质肺与肺血管病门诊、狼疮门诊、干燥症门诊、腰背痛门诊、关节炎门诊、少见病罕见病门诊（疑难杂病）等专病门诊。主要诊疗疾病包括痛风、骨质疏松症、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、干燥综合征、脊柱关节病、骨关节炎、硬皮病、皮肌炎、血管炎等。
3、骨科
包头医学院第一附属医院骨科，科室现拥有DYY8-三维电脑多功能颈腰椎治疗机1台，瑞士EMS大型体外冲击波治疗仪1台，超声波红光治疗仪1台，InterPro8000低频刺激机1台，微波治疗仪1台。科室以蒙中医药为主，开展骨科常见病、多发病及骨关节疑难病症的保守治疗，主要治疗范围包括：颈椎病、股骨头缺血性坏死、强直性脊柱炎、风湿、类风湿性关节炎、骨质疏松症、各类软组织损伤及骨折。
4、神经外科
包头医学院第一附属医院神经外科，具备显微神经外科、介入神经外科、内镜神经外科和立体定向功能神经外科技术和装备。科室年手术量800余例，3-4级手术占到70%以上。手术包括：神经介入：动脉瘤栓塞术、动静脉畸形栓塞术、颈内动脉海绵窦瘘栓塞术、颈内动脉、锁骨下动脉、椎动脉、基底动脉、大脑中动脉狭窄、球囊扩张或支架扩张置入术、急诊动脉溶栓、取栓术等手术。
5、介入治疗科
包头医学院第一附属医院介入治疗科，被设为北京大学临床介入研究所包头医学院临床介入研究室，拥有专科门诊、病房、手术室，形成收治管理一条龙。科室对介入治疗各个领域都有深入的研究并取得不菲的成绩。特别在子宫肌瘤的介入栓塞治疗、肝血管瘤的介入栓塞治疗、恶性肿瘤的介入治疗及动脉狭窄球囊扩张和支架植入治疗方面有独到的手段，并积累了大量的病例经验。