杭州市儿童医院擅长儿外科、新生儿科、儿童保健科、呼吸内科、感染科。上述科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、医疗设施一流，患者可根据个人情况就诊。
1、儿外科
是杭州市医学重点学科，是国内多家知名院校小儿外科临床教学基地，科室在儿童创伤综合救治、肝胆胰疾病微创治疗等方面的临床诊治实力居省内领先，同时在小儿实体肿瘤方面研究水平居国内先进。
2、新生儿科
是杭州市新生儿救治中心、浙江省医学会儿科学分会新生儿学组委员、杭州市医学会儿科分会新生儿学组副组长单位，主要收治新生儿高胆红素血症、新生儿肺炎、新生儿败血症等常规疾病，疗效显著。
3、儿童保健科
是集儿童生长发育、儿童发育行为、儿童营养等医疗、教学和科研为一体的专业科室，是浙江省医学会儿科分会儿童保健学组委员和发育学组委员单位。医疗范围主要包括生长发育相关疾病，临床疗效好，患者评价高。
4、呼吸内科
是杭州市重点学科、杭州市医学会儿科学会委员单位、杭州市医学会儿科学会呼吸学组主任委员单位等，科室对儿童常见呼吸道疾病、呼吸道疑难杂症具有较高的诊治水平，是杭州市及周边区域儿童呼吸系统疾病诊治中心。
5、感染科
是杭州市医学重点学科，科室集医、教、研为一体，是具有小儿肝病和感染病专业特色的学科，对感染性腹泻、脑膜炎等儿童感染性疾病方面有较高的诊治水平，同时对各种罕见、少见、疑难肝病的诊治水平也处于省内领先地位。