南方医科大学深圳医院擅长消化内科、骨科、整形外科、神经内科、心血管内科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、消化内科
已建设成为深圳市重点学科，是深圳市唯一连续两年获得了《复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜》“华南区提名奖”的消化内科，科室具有完整的人才梯队，科研实力雄厚。消化内镜微创切除及隧道内镜技术综合实力达国内领先水平，深圳第一。
2、骨科
是深圳市重点学科，学科人才梯队合理，引进以钟世镇院士为首的数字骨科团队，将3D打印、术中导航、手术机器人等先进数字医疗技术应用于骨科临床，倡导快速康复理念，提升骨科技术水平。
3、整形外科
是深圳市医疗卫生“三名工程”与南方医科大学重点合作建设项目，在2018年整形外科科技影响力全国百强排名第21名，科室引进世界知名专家郭树忠教授团队，以美容整形，激光美容、修复与重建、危重烧伤救治等项目为科室重点发展方向。
4、神经内科
是国家神经系统疾病质量控制中心委员单位、广东省卒中学会缺血神经介入分会主委单位等，是医院重点科室，科室技术专长为脑血管病介入治疗，科室主任刘亚杰教授是国内知名的神经介入专家。
5、心血管内科
是院内重点建设学科，在心血管疾病的诊治等方面都紧跟国外前沿发展，并形成了有自身特色的行之有效治疗方法，积累了丰富的经验。其中心脏介入治疗为重点发展方向，目前已成熟开展各类心血管疾病的介入手术，已达到国内先进水平。
