北京大学第六医院擅长精神科、神经内科、心身医学科、急诊医学科、儿童心理科。上述科室可为病人提供规范化、个体化的治疗方案，取得显著成效。
1、精神科
是北京大学精神病学与精神卫生学的临床医疗、人才培训与科学研究基地，是世界卫生组织(WHO)北京精神卫生研究和培训协作中心，也是中国疾病预防控制中心的精神卫生中心。北京大学精神病学进入全球基本科学指标数据库(ESI)前1%，成为国际高水平学科之一。
2、神经内科
神经疾病和精神疾病的临床诊疗互为补充，密不可分，该学科更好的促进神经疾病和精神疾病的融合，全面提高医院的综合诊疗水平和服务能力。成为集医、教、科、产为一体的现代化神经系统疾病临床诊治中心，在全国神经病学学术界具有一定的影响力。
3、心身医学科
作为国家精神心理疾病临床医学研究中心，是全国精神卫生行业的领军者。学科主要任务是收治需要住院治疗的进食障碍患者，完成急性期的治疗。采用与国外同步的先进治疗理念，营养支持治疗、心理治疗、行为矫正治疗与药物治疗综合应用，极大改善了患者的生存质量。
4、急诊医学科
急诊医学科促进医学各科交叉、融合、协同发展，打造成为集医、教、研、产为一体的面向全国的精神疾病急救诊疗中心。就诊对象主要为各类精神障碍急性发作患者，以及自伤、自杀风险的精神障碍患者，大大减少了伴兴奋、冲动、自伤和自杀等倾向患者的生存率。
5、儿童心理科
为教育部批准的精神病与精神卫生学国家重点学科，是全国最早收治各种精神及心理障碍儿童少年的专科之一。科室具有丰富的儿童少年精神障碍诊断及治疗经验，为我国儿童精神卫生建设做出了重要贡献。
