中山大学附属第五医院擅长内分泌与代谢病科、肾内科、肿瘤科、耳鼻咽喉-头颈外科、眼科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、内分泌与代谢病科
是珠海市临床重点专科、珠海市内分泌与代谢医疗质量控制中心、珠海市医师协会内分泌医师分会主任委员单位，对肾上腺疾病、垂体疾病、性腺疾病、生长发育异常等内分泌代谢疾病有较高的诊治水平，其中糖尿病及其并发症和甲状腺疾病是科室临床工作的重点方向。
2、肾内科
是广东省临床医学重点专科、珠海市高水平临床重点专科、医院重点学科、珠江西岸城市群唯一的广东省血液透桥培训基地等，目前已成为珠海市最大的肾病专科和广东省顶尖的肾脏疾病治疗中心，在广东省具有广泛的影响力和辐射力。
3、肿瘤科
是广东省临床重点专科、珠海市高水平临床重点专科，主持或参与多项肿瘤药物临床试验及中心的临床研究，尤其关注鼻咽癌、结直肠癌、原发性肝癌、子宫颈癌等病种的国际研究进展，在粤港澳大湾区西岸肿瘤防治事业的发展中发挥着重要作用。
4、耳鼻咽喉-头颈外科
是国家临床重点学科-中山大学耳鼻咽喉研究所的有机组分、珠海市临床重点专科、中山大学附属第五医院重点学科，现已成为珠海市独立处理耳鼻咽喉头颈外科重大疾病种类最多、数量最大的专科，并承担珠海及其周边地区耳鼻咽喉头颈外科危急重症的诊治和会诊。
5、眼科
是集医疗、教学、科研为一体的综合性教学单位，是国家干眼治疗基地，同时作为中山大学附属第五医院重点专科及特色专科，是珠海市及周边地区眼科疾病的治疗和会诊中心，在患者中享有较高声誉。
