上海长征医院擅长骨科、急诊科、皮肤科、神经外科、放射科相关疾病的诊疗，这5个科室在诊治技术和规模上均已达到国内先进水平，拥有过硬的专业实力。
1、骨科
是国家重点学科，国家211工程重点学科之一。已发展为融临床、科研、教学为一体，脊柱外科、创伤骨科、修复重建外科和关节外科四个专业学科并行发展的骨外科学科模式。学科医疗和科研环境相对独立，现代化的检测、诊疗设施和手术条件接近世界一流水平。
2、急诊科
是国内最早建立的急救科之一，在抢救危重病人，尤其是严重创伤、多发伤、心肺脑复苏、休克病、脓毒症和多脏器功能障碍综合征方面，积累了丰富的临床经验，显示了较强的临床急救综合实力，尤其在四个以上脏器衰竭救治方面，突破了国外100%死亡极限。
3、皮肤科
是长征医院成立最早的学科之一，是上海市临床重点专科。科室以疑难皮肤病与真菌病诊治为一大特色，国内外首次发现12种新型致病真菌及其引起的新疾病；提出系列真菌病的救治新原则，被多项国际指南采纳。
4、神经外科
是上海市医学领先专业重点学科、国家“211工程”重点建设学科，在颅脑创伤、颅内肿瘤、脑血管病和功能神经外科等方面取得了丰硕的成果，形成了稳定的学术发展方向，整体上达国内先进水平，部分领域达国际领先和国内领先水平。
5、放射科
已成为亚专业设置齐全、技术力量雄厚、梯队结构合理、发展方向明确并具有特色的科室，是国内最主要的影像医学专业人才培养基地之一，在全国学术界享有较高的声誉。在医学人工智能产学研合作创新领域更是走在了全国前列。
