深圳小儿消化科医院排名比较权威的是深圳市儿童医院、深圳市人民医院、深圳市第三人民医院。
深圳市儿童医院消化内科是深圳及周边唯一小儿消化专科，技术全面市内领先。深圳市人民医院儿内科开设小儿消化专科，对儿童消化性溃疡等疾病诊疗成熟。深圳市第三人民医院儿科在小儿消化系统疾病及感染相关消化病症诊治上特色突出。
1.深圳市儿童医院 消化内科
深圳市儿童医院消化内科是深圳市及周边地区唯一的小儿消化专科，市内诊疗水平领先。科室技术力量雄厚，拥有博士硕士为主的专业医师团队，配备胶囊内镜、24H动态胃酸监测仪等先进设备，开展婴幼儿胃肠镜检查、消化道狭窄扩张、氢呼气试验、13C呼气试验等特色技术，擅长诊治消化道出血、胆汁淤积性肝病、食物过敏、慢性腹泻、胃食管反流等各类小儿消化专科疾病。
2.深圳市人民医院 儿内科
深圳市人民医院儿内科开设专门小儿消化专业组与专科门诊，由经验丰富的专家坐诊。科室开展小儿消化性溃疡规范治疗、肝穿刺诊断复杂肝病、13C尿素呼气试验诊断幽门螺杆菌等先进诊疗技术，在儿童消化不良、腹泻、腹痛等常见消化病症诊疗上经验丰富，同时具备儿童消化疾病合并多系统病症的综合救治能力，承担多项国家级省部级科研课题。
3.深圳市第三人民医院 儿科
深圳市第三人民医院儿科是集医疗教学科研保健为一体的综合性学科，在小儿消化系统疾病诊治方面具备鲜明特色，对儿童消化相关常见病及疑难危重病症诊疗水平较高。科室配备完善的儿科诊疗设备，可开展小儿消化系感染、腹泻、腹痛等病症的规范化诊疗，成功救治多例消化相关危重患儿，近年发表多篇专业学术论文，诊疗服务质量在区域内获得广泛认可。
4.北京大学深圳医院 儿科
北京大学深圳医院儿科是医院高水平重点建设科室，业务涵盖小儿消化专业诊疗，拥有多名高级职称医师及硕士研究生导师。科室配备先进诊疗设备，开展儿童消化疾病规范化诊治，对儿童腹泻、消化不良、食物过敏等消化病症诊疗效果稳定，同时具备新生儿消化危重症救治能力，为国家住院医师规范化培训儿科基地，承担多项省市级科研项目，综合诊疗实力突出。
5.深圳市第二人民医院 儿科
深圳市第二人民医院儿科是医院重点学科，常规开展小儿消化疾病诊疗业务，对儿童常见消化系统疾病诊治经验成熟。科室配备完善的诊疗设备，可开展儿童腹泻、腹痛、消化不良等病症的规范治疗，同时依托多学科协作优势，在儿童消化疾病合并神经发育异常等复杂病症诊疗上独具特色，承担多所高校教学任务，举办多项国家级学术会议，学科综合实力较强。
