江苏省妇幼保健院擅长的科室有产科、妇科、儿科、妇女保健科、儿童保健科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、产科
江苏省妇幼保健院产科创建于1957年，是江苏最早独立设置的产科专业科室，是科教兴卫工程重点学科、国家临床重点专科、省级临床重点专科，南京医科大学临床医学妇产科学硕士、博士学位授予点，卫生部住院医师规范化培训基地，卫生部产前诊断（筛查）专家组成员单位，江苏省首批产前诊断（筛查）技术服务机构。
2、妇科
江苏省妇幼保健院妇科是首批卫生部国家临床重点专科建设项目单位，首批卫生部妇科四级内镜手术培训基地，南京医科大学硕士、博士学位授予点，卫生部住院医师规范化培训基地，国家临床药物验证机构，卫生部子宫颈癌预防及癌前病变规范化诊疗示范基地，江苏省“十三五科教强卫工程”医学创新团队，“十四五”省医学重点学科。科室拥有妇科肿瘤、妇科微创治疗、内分泌治疗、盆底重建、计划生育、宫颈诊断中心等特色专业治疗组，拥有一批在国内及省内有名望的专家。
3、儿科
江苏省妇幼保健院儿科是南京医科大学博士、硕士学位授予点，博士后流动站点。拥有江苏省“135”重点人才、江苏省“兴卫工程重点人才”、江苏省“重点医学人才（联合共建）”。江苏省妇幼健康重点人才及青年人才。设有新生儿、血液肿瘤、呼吸、消化、内分泌、心血管、风湿免疫、神经、PICU等9个亚专业。其中新生儿专业为江苏省妇幼系统重点学科。小儿内分泌、感染专业是国家药物临床试验基地。
4、妇女保健科
江苏省妇幼保健院妇女保健科是南京医科大学妇产科学博士点、硕士点，国家更年期保健特色专科，江苏省医学创新团队、江苏省妇幼保健重点学科；江苏省预防医学会妇女保健专业委员会及妇幼保健协会妇女保健分会主委单位，中法盆底功能障碍诊治技术合作中心，中国妇女盆底功能障碍防治项目质量控制中心以及妇科内分泌与妇科常见病培训基地。
5、儿童保健科
江苏省妇幼保健院儿童保健科为江苏省妇幼保健重点学科。儿童保健科科除常规开展儿童营养门诊、儿童生长发育门诊、儿童心理门诊、儿童耳及听力保健门诊外，还开设儿童中医推拿门诊、儿童康复门诊、母乳喂养咨询门诊，同时提供多项特色保健相关项目包括儿童心理行为的评估与干预、高危儿早期干预、儿童早期发展等，为儿童提供了全方面的保健、医疗与健康促进服务。
