惠州市中医医院擅长针灸科、妇产科、骨科、脑病科、内分泌科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、针灸科
是广东省中医重点专科，科室突出中医药特色优势，开展各种针刺（如火针）、拔罐、艾灸、穴位注射、穴位敷贴、穴位埋线、刺血、中药熏蒸等疗法。科内设备齐全，配置了微波治疗仪、红外偏振光治疗仪等先进诊疗设备。
2、妇产科
是广东省中医妇科重点专科、惠州市中医妇科重点专科，医疗设备齐全，注重手术后的中医辨证体质调护，以促进患者康复。科室完成多项省级、市级科研课题，并将课题应用于临床中，取得了满意疗效。
3、骨科
是广东省中医重点专科，科室技术力量雄厚，在骨伤科疑难病的诊治方面独树旗帜，充分发挥中医对骨科疾病的辨证论治、用药的作用，运用传统中医正骨手法、小夹板固定、外敷中药治疗各种骨折，具有骨折愈合快、功能恢复好等特点，深受广大患者的欢迎。
4、脑病科
是广东省中医重点专科，也是广东省中医院脑病协作单位脑卒中筛查与基地建设单位、中医药防治中风联盟卒中中心建设单位等，拥有一支从事脑病临床和基础研究的高素质人才队伍，形成独特的中西医结合治疗模式，是脑病科最大的特色和亮点。
5、内分泌科
是广东省中医重点专科、惠州市重点专科、“岭南糖尿病联盟”成员单位，科室专业技术力量雄厚，治疗水平在全市各医院中处于领先地位，其中“三C”法精细控糖技术达到国内先进，在惠州市及辖区内各县区糖尿病患者中创下了良好的口碑和较高的知名度。
