浙江省中医院擅长的科室有肿瘤科、消化科、神经内科、呼吸内科、血液内科等。
1、肿瘤科
浙江省中医院肿瘤科，现已初步形成了专业与地域覆盖面广、中医特色明显、诊疗水平较高、临床疗效显著、创新能力较强、管理水平较高、社会影响较大、具有示范带动作用的国家级中西医结合重点肿瘤学科。浙江省中医院肿瘤科，是国家局“中医肿瘤”和“治未病”重点学科，“十五”、“十一五”国家中医药管理局中西医结合肿瘤学重点专科，浙江省中西医结合肿瘤重点学科，浙江省医学肿瘤学（中西医结合）重点学科。
2、消化科
浙江省中医院消化内科，消化内镜中心拥有国内外一流、齐全的内镜设备：胃镜、结肠镜、超声内镜、小肠镜、十二指肠镜、胶囊内镜、高分辨率胃肠测压系统，并计划引进共聚焦胃镜，已成熟开展常规胃肠镜检查、无痛胃肠镜检查、ERCP术、早期肿瘤内镜下切除术(EMR)或剥离术(ESD)、消化道梗阻支架置入术和肠梗阻导管置入术、隧道技术（如经口隧道下内环肌切开术）、胃肠道间质瘤挖除术等。
3、神经内科
浙江省中医院神经内科，拥有一流的现代化医疗设备，如脑电监护仪、神经电生理仪、头颅多普勒、动态脑电图、高压氧治疗舱及各类康复医疗器械等。科室擅长中西医结合治疗急性脑血管疾病、痴呆、重症肌无力、多发性硬化、癫痫、帕金森病、周围神经病、睡眠障碍等疾病。尤其在急性脑血管病、重症肌无力危象、癫痫持续状态等神经系统急难重症病人的抢救方面处于国内先进水平。
4、呼吸内科
浙江省中医院呼吸内科，在省内较早开展呼吸机有创/无创机械通气治疗慢性阻塞性肺病急性加重期病人，挽救了大批病人的生命，也积累了丰富的经验。目前开展的诊疗技术与项目有内科胸腔镜检查治疗术、气管镜下的各种检查与治疗技术、多导睡眠仪进行睡眠呼吸监测、肺功能检查（包括肺通气功能、弥散功能和支气管激发试验等）、经皮CT或B超引导下经皮肺穿刺术等。
5、血液内科
浙江省中医院血液内科，目前为国家中医临床研究基地（血液病），卫生部国家临床重点专科中医建设单位。科室于2005年首批入选国家卫生计生委认证的中华骨髓库采集/移植双资质医院（中医系统唯一一家），近三年造血干细胞采集人数居全国第二。