青海第三人民医院擅长的科室有精神科、心理科、心理测验科、精神康复科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、精神科
青海第三人民医院精神科是省重点学科，该病区拥有一支高水准的专业治疗和护理队伍。主要收治各类急性、早期和慢性的精神障碍患者。如：急性而短暂的精神病性障碍、精神分裂症、躁狂症、双相情感障碍、酒精所致精神障碍、癫痫所致精神障碍、精神发育迟滞伴精神障碍等各类精神疾病。
2、心理科
青海第三人民医院心理科集医学心理学研究、心理咨询与心理治疗、教学实习于一体，现已形成科学规范的心理治疗体系，2004年被评为省级特色专科，2016年被评为省级重点学科。汇集了省内医学心理学和精神卫生方面的专家，开展了从儿童、青少年到老年不同年龄阶段的心理卫生辅导、咨询和治疗，以及从普通心理健康问题到心理障碍和精神疾患的诊断、咨询、治疗等。
3、心理测验科
青海第三人民医院心理测验科是省唯一一家专业规范的心理测评机构。从建院开始一直秉承以人为本，患者至上，真诚关爱，服务社会的态度，为就诊者提供精神科临床、司法精神病鉴定、劳动能力鉴定、伤残鉴定及残疾鉴定等心理测验和评估工作。
4、精神康复科
青海第三人民医院精神康复科主要工作人员在北京安定医院、北京大学第六医院、北京回龙观医院等国内精神专科医院进修学习精神病康复治疗。熟练掌握生活技能训练，社交技能训练，行为技能训练等多种康复治疗方法，引进先进的多种治疗设备，让精神心理患者在药物、心理、物理治疗的基础上，通过积极的康复训练使认知、情感，社会功能等，得到真正的改善，促进身心全面康复。