菏泽医院排名前十的是菏泽市立医院、菏泽市中医医院、菏泽市第三人民医院等，其中菏泽市立医院的卒中中心取得了颈动脉内膜剥脱术全国排名第21位，取栓技术在全国排名第4位；菏泽市中医医院是全国中医住院医师规范化培训基地，荣获山东省爱婴医院称号；菏泽市第三人民医院是市级精神疾病防治机构，拥有3个市级重点学科。
第一名：菏泽市立医院
菏泽市立医院是一家综合性三级甲等医院，担负着菏泽市及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。医院卒中中心先后取得了颈动脉内膜剥脱术全国排名第21位、颅内动脉瘤夹闭和栓塞全国排名第16位、取栓技术全国排名第4位的优异成绩，其中急性缺血性脑卒中静脉溶栓的穿刺到再通时间稳定30分钟，居国内先进水平。
第二名：菏泽市中医医院
菏泽市中医医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体三级甲等综合性中医医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地。先后荣获山东省爱婴医院、山东省文明单位等荣誉称号。
第三名：菏泽市第三人民医院
菏泽市第三人民医院是市级精神疾病防治机构，目前已发展成为以治疗脑科、骨科疾病和医学康复为特色的三级甲等医院。医院配备有关节镜、椎间孔镜等一大批先进仪器设备。设有内科、外科、精神科等。其中，精神科、神经内科、康复医学科是市级重点学科。
第四名：单县中心医院
单县中心医院是一家三级甲等医院。位列“2021届中国县级医院竞争力100强”第24名，16个专科中有15个专科进入前30强。在2020年度国家三级公立综合医院考核中位列第454名，B+层次。先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”等荣誉称号。
第五名：曹县人民医院
曹县人民医院是一所集医疗、教学、科研、急救于一体的大型综合三级乙等医院，获有国家爱婴医院、省级文明单位、山东省优质服务百佳医院、全省临床输血先进单位等荣誉。拥有西门子1.5T18通道超导磁共振、飞利浦64排128层螺旋CT、岛津数字胃肠等先进设备。
第六名：东明县人民医院
东明县人民医院，现已发展成为一所集医疗、教学、科研、康复保健、急诊急救于一体的三级综合医院。拥有西门子3.0T核磁共振仪、西门子128层螺旋CT，日立全自动大型生化分析仪等医疗设备2100余台（套）。现有市级以上重点专科、精品特色专科8个，省级重点专科1个、呼吸与危重症医学科被授予国家二级示范单位，建有石学敏、陶然院士专家工作站并将两项科研成果在“东医”落地见效。
第七名：菏泽医学专科学校附属医院
菏泽医学专科学校附属医院是经山东省卫健委批准成立的一所集医疗、养老、康复、教学、科研和培训为一体的公办三级综合医院，针灸科、口腔科、皮肤科、妇产科、康复科、中医科等临床科室实力雄厚，特色医疗项目优势明显，在人民群众中形成良好口碑。2018年被山东省卫健委授予首家“山东省医养结合示范单位”；2020年被授予“菏泽市五星级养老机构”。被菏泽市精神文明建设委员会命名为2020年度 “市级文明单位”。
第八名：巨野县人民医院
巨野县人民医院目前已成为集医疗、教学、科研、康复、保健、急诊急救服务为一体的三级乙等综合医院和爱婴医院。拥有县域省级临床重点专科1个，省级优质护理服务科室1个，市级医疗质量示范科室1个，市级临床重点专科8个、市级医学重点学科。配备有1.5T/3.0T核磁共振、双源CT、螺旋CT、直线加速器，数字胃肠机、医用计算机影像。系统、钼靶、全自动生化分析仪等大中型医疗仪器400余台（套）。
第九名：成武县人民医院
成武县人民医院重视人才和技术投入，先后与山大齐鲁、泰山医学院、济医附院等建立了技术协作关系，培养了大批的优秀专业技术人才。目前，医院卓有成效地开展了永久性心脏起博器植入，经皮二尖瓣球囊扩张，内镜食道支架置入、食道癌切除、全髋置换术、断指（肢）再植术、无痛分娩，各种颅脑的开颅手术、血液透析、放射介入治疗等，吸引着全县乃至周边数县的病人来诊。
第十名：菏泽市牡丹人民医院
菏泽市牡丹人民医院是一所集医疗、教学、康复、保健、医养结合为一体的三级乙等综合医院，荣获国家级“爱婴医院”、全国综合医院中医药工作示范单位、山东省“改善医疗服务示范医院”等称号。医院中医内科顺利通过山东省“十三五”在建重点专科中期评估，肝病科现为北京佑安肝病感染病专科医疗联盟首批成员单位，被人工肝“一市一中心”项目授予“全国人工肝及血液净化技术示范中心”，成为该市唯一获此殊荣的单位。