甲状腺炎建议就诊于内分泌科，上海治疗甲状腺炎疾病医院排名靠前的是上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科、上海市第六人民医院内分泌代谢科、复旦大学附属中山医院内分泌科等，上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科是国家卫生部内分泌代谢病重点实验室，拥有完备激素检测平台，可规范化处理各类甲状腺炎；上海市第六人民医院内分泌代谢科设立甲状腺肿瘤多学科协作组，能够对自身免疫性甲状腺炎开展综合评估与长期管理；复旦大学附属中山医院内分泌科开设甲状腺疾病专病门诊，依托多学科团队处理甲状腺炎合并代谢异常的复杂病例。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 内分泌科
该科室2023年全国专科声誉排名第1名，为国家教育部重点学科，设有上海市内分泌研究所，内分泌检验中心可开展50余种激素测定，能够完成各类甲状腺炎的激素、抗体全套检测，制定个体化干预方案。科室同时擅长垂体‑肾上腺疾病、糖尿病、内分泌性肿瘤、遗传性内分泌代谢病的诊治，承担全国内分泌进修班教学工作，产出多项国家级、上海市科技进步奖项。
2、上海市第六人民医院 内分泌代谢科
该科室2023年全国专科声誉排名第6名，是国家重点学科，成立甲状腺肿瘤多学科协作组，可对桥本甲状腺炎等各类甲状腺炎开展病情评估，同时兼顾合并糖尿病、肥胖代谢综合征患者的综合管理。科室搭建糖尿病多学科联合诊治平台，在低血糖症、低钾血症、肾上腺疾病、性发育异常等疑难内分泌疾病方面建立成熟诊疗流程，多项科研成果获国家科技进步奖。
3、复旦大学附属中山医院 内分泌科
该科室2023年全国专科声誉排名第10名，是卫生部国家临床重点专科，设立甲状腺亚专业组，开设甲状腺疾病特色专病门诊，可处理甲状腺炎合并脂肪肝、肥胖、高尿酸血症等代谢合并症。科室组建多学科合作团队，与普外科、营养科、神经外科协同开展复杂内分泌疾病诊疗，在肥胖、脂肪肝、糖尿病的临床干预方向形成突出的研究特色。
4、复旦大学附属华山医院 内分泌科
该科室2023年全国专科声誉排名提名，为国家临床重点专科建设项目，设立神经内分泌疾病亚专科，可完成甲状腺炎相关激素、抗体筛查，鉴别甲状腺炎与垂体源性甲状腺功能异常。科室联合神经外科等科室成立复旦大学内分泌糖尿病研究所，重点研究糖尿病慢性并发症、垂体瘤相关病变，承担多项国家级、省部级科研课题。
5、上海交通大学医学院附属仁济医院 内分泌科
该科室开设甲状腺、垂体肾上腺疾病多学科联合门诊，可对甲状腺炎开展内分泌评估，针对甲状腺炎伴随的多囊卵巢综合征、肥胖等问题进行全周期调理。科室打造肥胖与生殖亚专科品牌，拥有MMC国家代谢病管理中心，派遣人员赴海外顶尖医学中心进修，承担科技部重点研发、国家自然科学基金等多项科研项目。
