兰州大学第二医院擅长内分泌科、呼吸内科、普外科、妇产科、中医科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、内分泌科
是市临床重点建设专科，2001年被甘肃省卫生厅评为省临床医学重点学科。擅长内分泌腺体疾病，垂体、肾上腺、甲状腺、性腺疾病的诊断及治疗。尤其是甲亢及甲减的规范化治疗。同时科学诊治糖尿病，肥胖，高脂血症，高尿酸血症及痛风等代谢病，特别是糖尿病的早期预防，早期治疗，胰岛素抵抗，急慢性并发症（眼，肾，神经，血管，心，脑）诊治。
2、呼吸内科
是县级临床重点建设专科，现已成为集医疗、教学、科研为一体的综合性现代化呼吸病学诊疗中心。该科室在肺癌、慢性阻塞性肺病、哮喘患者的诊治与长期管理、睡眠呼吸暂停综合征诊治、呼吸危重症的治疗尤其是支气管镜介入治疗方面取得了长足的进步。对常见病、多发病以及疑难少见病症的诊治已达到国内领先水平。
3、普外科
是国家重点专科，拥有肝储备功能检测仪、肝脏三维规划系统、射频消融治疗仪、超高清电子腹腔镜与胆道镜等国内先进的专科设备。率先在甘青宁地区开展DCD肝移植术、精准肝切除术、保留幽门的胰十二指肠切除术、扩大肝门部胆管癌根治术、局部晚期胃癌降期治疗后腹腔镜下根治术、三镜联合治疗复杂胆管结石等疑难复杂和高精尖手术。
4、妇产科
是县级临床重点建设专科，现已形成了具有雄厚技术力量，以盆底重建、妇科肿瘤、生殖内分泌、妇女保健、妇科内窥镜等为中心的临床、科研、教学体系。承担省各种妇科疑难、危重病例及功能障碍性疾病的诊治，在省内具有领先优势。该科秉承微创理念，率先开展各种微创手术，如经腹腔镜、宫腔镜及各种经阴道手术，此类手术具有疗效好、创伤小、出血少、恢复快、手术切口美观、住院时间短，最大程度地保留女性生殖系统及其功能等特点。
5、中医科
是集临床医疗、教学、科研为一体的中西医结合临床学科，市临床重点建设专科。隶属于兰大二院传统医学临床医学中心，内设中医内科和中医康复二个亚学科专业，并拥有独立的中医研究室。该科室采用中药、针灸、拔罐、耳穴、推拿按摩、穴位敷贴、药物熏蒸、中药足浴、经络导频、康复理疗，以及常规西药等中西医结合综合疗法，开展中西医结合诊治肾病综合症、慢性肾小球肾炎、尿毒症等肾脏系统疾病。
