呼伦贝尔三甲医院有内蒙古林业总医院、呼伦贝尔市人民医院、呼伦贝尔市传染病医院等。内蒙古林业总医院是全国卫生系统先进集体、全国百姓放心示范医院。呼伦贝尔市人民医院是全国健康管理示范基地，还是呼伦贝尔市区域卫生医疗中心。呼伦贝尔市传染病医院是呼伦贝尔市唯一一所三级甲等传染病专科医院。
第一名：内蒙古林业总医院
内蒙古林业总医院是位于祖国最北端的国家三级甲等医院，是一所集医疗、教学、科研、保健、预防、康复、社区服务为一体的大型现代化综合医院。近年来曾先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”等荣誉称号。临床、医技科室40个，脑炎科（神经内科）为内蒙古自治区医学领先学科，内分泌科为内蒙古自治区医学重点学科。
第二名：呼伦贝尔市人民医院
呼伦贝尔市人民医院，是国家医疗健康信息互联互通标准化成熟度四级甲等医疗机构，全国健康管理示范基地，国家住院医师规范化培训基地，是呼伦贝尔市区域卫生医疗中心。医院拥有国家临床重点专科建设项目1个（布鲁氏菌病科），自治区医疗卫生领先学科1个（布鲁氏菌病科），自治区医疗卫生重点学科1个（眼科），院士专家工作站1个（血液病学），市级领先学科15个。不断引进应用国内外先进技术与设备，服务能力与技术水平不断提升，部分重点技术填补了呼伦贝尔地区空白并达到了自治区和国家先进水平。
第三名：呼伦贝尔市传染病医院
呼伦贝尔市传染病医院，是呼伦贝尔市唯一一所三级甲等传染病专科医院。微创膝关节镜下关节前交叉韧带断裂肌腱重建手术、CT引导肺穿刺活检术、单孔胸腔镜行肺部病变手术，髋膝关节置换术、3D腹腔镜经腹膜前疝修补术、后腹腔镜下结核肾及全长输尿管切除术、双镜联合半尿路切除术等一系列重大疑难手术均可成熟开展。在肺结核、肾结核、骨结核、脊柱结核的外科手术治疗方面走在全区前列。
第四名：呼伦贝尔市第三人民医院
呼伦贝尔市第三人民医院，是呼伦贝尔市唯一的一所集精神医疗、心理咨询、心理治疗、教学、科研、戒毒戒酒、精神康复、心理危机干预和司法鉴定等为一体的国家精神专科三级甲等医院。精神卫生学科是自治区重点学科、呼伦贝尔市领先学科。医院开展了心理治疗、顽固性疑难性精神障碍、心身疾病、物质依赖、无抽搐电休克等20余项新技术、新业务，填补了呼伦贝尔地区空白，部分技术达到了内蒙古自治区先进水平。
第五名：呼伦贝尔市中蒙医院
呼伦贝尔市中蒙医院是一所集中蒙西医医疗、科研教学、预防保健、康复、制剂为一体的国家三级乙等中蒙医综合医院。拥有蒙中医特色科室9个，国家级重点专科2个，国家重点学科1个，国家重点专科协作组成员单位1个。医院检查手段完备，医疗设备先进，拥有全自动尿液及血液分析流水线、化学发光、全自动糖化血红蛋白监测系统、实时荧光定量PCR仪、电子胃肠镜、腹腔镜、宫腔镜、胆道镜等近百台大型医疗设备。
第六名：扎兰屯市中蒙医院
扎兰屯市中蒙医院，现为国家级三级甲等中医医院，是一所具有中蒙医特色的综合性医院。其中脑病科、肝病科、肾病科、肛肠科、蒙医胃病、骨伤科为呼伦贝尔市中蒙医重点专科，普外科、儿科、妇产科、超声科为呼伦贝尔市临床重点学科，脑病科是国家农村牧区医疗机构蒙医中医特色优势重点专科项目建设单位，肝病科、肾病科、肛肠科是内蒙古自治区中医特色重点专科项目建设单位。
第七名：满洲里市人民医院
满洲里市人民医院目前已成为呼伦贝尔市6个区域医疗中心之一，主要承担着满洲里地区、毗邻俄蒙地区及周边农、牧区广大人民群众的临床医疗、护理、康复、预防保健、急诊急救、突发公共卫生事件的紧急医疗任务。是国际救援网络医院成品单位之一。其中消化内科学、临床检验学、肿瘤内科学、急诊急救医学、临床输血医学被评为呼伦贝尔市临床医学重点学科;骨外科学、泌尿外科学、神经内科学被评为呼伦贝尔市临床医学重点专科:。
第八名：扎兰屯市人民医院
扎兰屯市人民医院是一家集医疗、预防保健、教学科研为一体的综合性国家三级医院、爱婴医院。医院设有覆盖全市的中心血库和“120”急救中心及综合产科急救中心。其中妇产科、麻醉科、神经外科、普外科、骨科、儿科、口腔科、检验科、核磁CT室等专业处于全市领先水平。
第九名：呼伦贝尔市蒙医医院
呼伦贝尔市蒙医医院拥有国家重点建设专科1个，自治区领先学科1个，自治区重点蒙医特色专科专病4个，呼伦贝尔市重点蒙医特色专科9个。医院承担了各级科研项目共12项，其中国家级2项、自治区级4项、市级6项，多项科研成果获奖。蒙医药文化展厅已被列入市博物馆分支机构。