江苏感染内科比较厉害的三个医院是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、苏州大学附属第一医院。
南京医科大学第一附属医院感染病科历史悠久，综合实力居省内首位、华东地区前列，多项诊疗与科研成果国内领先。南京鼓楼医院感染性疾病科是省临床重点专科，牵头组建科研机构，疑难感染与肝病诊疗特色突出。苏州大学附属第一医院感染病科是省首批临床重点专科，重型肝病救治与新技术应用优势显著。
1、南京医科大学第一附属医院 感染病科
始建于1954年，是我国高校首批硕士点、省内最早的感染病专业博士点，省临床重点专科、省临床医学重点学科，卫生部传染病专科医师培训基地。连续三年华东地区声誉排名前五、省内第一，擅长新发传染病、重症肝病、疑难危重感染性疾病救治，成功开发“苦黄注射液”，科研实力雄厚，获多项省市级科技奖励，承担多项国际国内临床试验，辐射周边省市。
2、南京鼓楼医院 感染性疾病科
成立于1978年，是省临床重点专科、市医学重点专科，省医学会感染病学分会主委单位，牵头组建南京大学病毒与感染病研究所。学科带头人吴超、李婕教授学术地位突出，擅长病毒性肝炎、脂肪肝、疑难发热及新发传染病诊治，是慢乙肝临床治愈工程江苏示范基地，主持多项国家自然科学基金，发表多篇高水平SCI论文，获多项科技与新技术引进奖。
3、苏州大学附属第一医院 感染病科
是江苏省首批临床重点专科、国家级药物临床试验机构，内科博硕士授予点。作为江南地区重型肝炎/肝衰竭诊治与人工肝技术培训中心，较早开展免疫调控抗病毒、人工肝、干细胞移植等新技术。擅长慢性肝病、重症肝病及各类感染性疾病救治，承担多项国家科技重大专项，获16项省市级科技进步奖、医学新技术引进奖，主编多部学术专著。
4、东南大学附属中大医院 感染性疾病科
成立于2005年，是东南大学硕士学位授予点，集临床、教学、科研于一体。多次参与重大疫情处置并获疾控部门表彰，在慢乙肝多药耐药处置、干扰素个体化治疗方面经验丰富，影响力辐射周边省市。擅长脂肪肝慢病管理、疑难发热及细菌真菌耐药处置，承担多项国家级、省部级科研课题，承办省市级继续教育项目，发表多篇高水平论文。
5、南京市第二医院 感染病科
是省医学重点专科、市重点专科，主要收治各类急慢性传染病，承担南京及省内外医院急性传染病会诊任务。在乙脑、流脑救治方面达全国先进水平，霍乱、伤寒、流行性出血热等传染病诊治居省内领先，擅长动物咬伤及狂犬病预防、发疹性传染病并发症处置。获多项省市级新技术引进奖、科技进步奖，发表多篇核心期刊论文，医疗服务广受认可。
