南充市三甲医院有南充市中心医院、川北医学院附属医院、四川省南充精神卫生中心等多家，其中南充市中心医院拥有省重点学（专）科26个，成功开展了高新技术项目和高难度手术近三十项；川北医学院附属医院综合实力位居省内前列，拥有多项国内领先、区域空白的医疗新技术；四川省南充精神卫生中心在2014年被省卫计委确定为全省六大区域精神卫生中心之一。
第一名：南充市中心医院
南充市中心医院现为集医疗急救、科研教学、康复保健为一体的国家三级甲等综合医院，拥有省重点学（专）科26个，省高等学校重点实验室1个，省卫健委乙级重点实验室1个，南充市重点实验室4个。成功开展冠脉搭桥手术、复杂先心病手术、腔镜下开展胃、肠道肿瘤、妇科肿瘤等高新技术项目和高难度手术近三十项，其中，胃肠疝外科任明扬团队创新的直肠癌TaTME技术创世界一流。
第二名：川北医学院附属医院
川北医学院附属医院现已成为一所集医疗、教学、科研于一体，综合实力位居省内前列的大型国家三级甲等综合医院，年服务患者总量位居川东北5市第一位。医院现有3个国家级重点学科（专科），2个省级重点实验室（临床研究中心），23个省级医学重点学科，5个省级临床重点专科，25个省、市医疗质控（分）中心。拥有主动脉全腔内修复术、肿瘤消融治疗术等多项国内领先、区域空白的医疗新技术。
第三名：四川省南充精神卫生中心
四川省南充精神卫生中心是一所集医、防、教、研为一体的三级甲等精神病专科医院，四川省六大区域精神卫生中心之一，医院科室设置齐全，管理科学规范。设有22个业务科室和1个精神医学司法鉴定所。其中，精神科和心身疾病科为省级甲级重点专科，神经内科和司法鉴定科为市级重点专科建设项目。2014年被省卫计委确定为全省六大区域精神卫生中心之一。连续多年被省卫生厅授予“文明医院”称号。
第四名：南充市嘉陵区人民医院
南充市嘉陵区人民医院是由嘉陵区人民政府和南充市中心医院共同建设成立的，由市中心医院负责经营管理。医院实行法人治理结构，由嘉陵区人民政府和市中心医院共同组建理事会、监事会对其进行管理监督。院区占地79亩，已建成门诊医技楼、第一住院楼、第二住院和后勤保障楼、门诊住院综合大楼等。
第五名：阆中市人民医院
阆中市人民医院现已发展为一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的国家三级甲等综合医院。阆中市规模最大、设备最先进、技术实力最强的综合性医院。已成功创建耳鼻喉科等1个四川省重点专科；消化内科、心内科、呼吸内科、肾内科、肿瘤科、耳鼻喉科、普外科、神经外科等8个南充市级重点专科。
第六名：南充市中医院
南充市中医院是一所市、区共建的国家“三级甲等”中医医院，开设有内、外、妇、儿、骨伤、针灸、推拿、康复、肛肠以及老年病科、治未病科、急诊科、重症医学科（ICU）等一级临床科室19个，其中，骨伤科为国家最佳临床型专科，骨伤科、针灸科、肛肠科为省中医重点专科，肺病科为省中医重点建设专科，中药制剂室为省中医药管理局能力建设科室，并有国医大师传承工作室1个，全国基层名老中医药专家传承工作室1个。
第七名：南部县人民医院
南部县人民医院现有四川省重点建设专科8个、南充市重点专科5个、南充市重点建设专科10个。2013年被省卫计委、省人社厅联合表彰为全省卫生系统先进集体，在2015年度全国百姓放心患者满意优质服务品牌创建活动中，被中国医院管理协会和中国医院发展研究会授予“全国优质服务百佳医院”。
第八名：营山县人民医院
营山县人民医院是营山县城内唯一一家集医疗、科研、教学、预防保健和康复养老为一体的国家三级乙等综合医院，是营山县城镇职工、城乡居民基本医疗定点医院和交通事故救治定点医院，也是首批国家卫计委重点扶持的500家县级医院之一。全院已建成市级重点学科10余个，3个省级重点学科即将接受验收。同时，医院按照国家“三甲”医院标准，配备了价值5亿多元的医疗设备。
第九名：南部县中医医院
南部县中医医院是国家三级乙等中医医院，共设临床科室23个，医技科室7个，病区14个；重点专科3个：其中骨伤科、血液病科为市级重点专科；针推、康复科为省级重点专科。2018年牵头与南部县26家乡镇（中心）卫生院、社区卫生服务中心组建南部县中医医院医疗联合体。
第十名：南充市第五人民医院
南充市第五人民医院近年来开展新技术新项目近200项，荣获南充市、高坪区科技进步奖11项，获省卫健委、教育厅科研立项7个，市科技局科研立项17个，2006年、2012年、2016年为全市同级医院唯一荣获市政府科技进步三等奖的单位，2020年获南充市科技创新成果奖三等奖，每年公开发表科研学术论文40余篇。