重庆大坪医院擅长的科室有消化内科、心血管内科、呼吸内科、神经内科、骨科等。
1、消化内科
重庆大坪医院消化内科在慢性肝病诊治、消化道早癌内镜下诊断及治疗、血管介入技术等消化疾病的应用及胃肠动力紊乱疾病诊治上具有鲜明特色。对酒精性及非酒精性脂肪肝、肝纤维化、肝硬化、肝癌、重症肝炎等肝病的内科治疗有着系统深入的研究。近年来还对肝癌、胃癌、结肠癌、腹腔内肿瘤等进行了血管介入治疗、用CTA、CTAP技术确诊100余例微小肝癌，成功完成了近百例肝活检术，指导临床诊疗，取得满意疗效。
2、心血管内科
重庆大坪医院心血管内科临床部为大坪医院心血管病专科医院，科研部为重庆心血管病研究所，学科是国家重点学科、博士学位授予点、国家冠脉介入培训基地、国家心律失常介入培训基地、国家心血管药品临床试验基地、西南地区远程心电会诊中心；学科特色明显，科研实力位于国内前列，中国医学科学院最新(2014年)发布的“年度中国医院科技影响力排行榜”该科在全国900家三甲医院中位列12名。
3、呼吸内科
重庆大坪医院呼吸内科共获得863重大项目分课题1项，国家自然基金课题12项，重庆市及院校科学基金资助课题10余项。近5年发表学术论文近百篇，SCI论文近20余篇，主编或参编专著近10部，获军队科技进步二等奖2项、三等奖3项，获国家发明专利、新型实用专利等40余项。此外，获得中国医师协会呼吸分会“全国优秀中青年呼吸医师”奖，重庆市医师协会呼吸分会“重庆市优秀呼吸医师”奖，中国临床肿瘤学会“最具潜力青年肿瘤医生”等荣誉。
4、神经内科
重庆大坪医院神经内科科研成果丰硕，人才队伍建设成绩突出，2011年荣立集体二等功。学科被批准为重庆市重点学科，卫生部脑卒中筛查与防治基地、卫生部脑血管病介入诊疗培训基地。学科孕育着巨大的可持续发展潜力，全科人员团结一致，正在为建成国际知名学科而努力拼搏。
5、骨科
重庆大坪医院骨科，是西南地区首家脊柱外科独立病区，骨科专业科技影响力重庆市排名第一。科室在西南地区率先开展脊柱显微手术，已有3000余例经验，主要用于寰枢关节松解、融合术、颈椎前路及腰椎后路手术、椎管内肿瘤手术。显微镜下精细操作，损伤小、出血少、恢复快、效果优异。 对脊柱创伤治疗有深入认识和独创方案，治疗效果优良。