北京东城区医院有北京协和医院、首都医科大学附属北京同仁医院、北京医院等多家，其中北京协和医院是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列榜首；首都医科大学附属北京同仁医院拥有2个国家临床重点学科，1个国家临床重点专科；北京医院拥有较多先进的医疗设备，在多种疾病的诊疗方面处于国内领先水平。
第一名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列榜首。
第二名：首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属北京同仁医院是一所以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院，目前已成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。其中，眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为国家级中医重点学科。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第36。
第三名：北京医院
北京医院目前拥有医疗设备总值约22亿元，其中100万元以上设备有363台件，在以老年病为重点的相关疾病的诊治如糖尿病、帕金森氏病、冠心病的内外科治疗、脑血管疾病的介入治疗、老年痴呆、前列腺疾病、骨关节病、肺部感染、重症肌无力等方面处于国内领先水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第60。
第四名：解放军总医院第七医学中心
解放军总医院第七医学中心是一所历史悠久、设备精良、技术先进，集预防、保健、医疗、科研、教学、康复为一体的综合性三级甲等医院。医院拥有一批技术力量雄厚的专科中心。全军中心7个，军区中心7个，附属医院1所。全院有硕士以上学历人员400+，研究生导师97名，博士生导师23人。有2位专家担任国际专业委员会副主委、2位专家担任国家一级学会副主委。
第五名：首都医科大学附属北京口腔医院
首都医科大学附属北京口腔医院首批获得口腔类别4项“国家临床重点专科”建设项目，包括口腔颌面外科、口腔修复科、牙体牙髓科、口腔正畸科。拥有北京市重点实验室——“全牙再生与口腔组织功能重建实验室”，北京市国际科技合作基地——“口腔组织功能重建”，首都医科大学“口腔颅颌面畸形临床诊疗与研究中心”，国家药物临床试验机构，国家干细胞临床研究备案机构。
第六名：北京市和平里医院
北京市和平里医院拥有1个国家级名老中医孙光荣工作室、1个高思华岐黄学者工作室、1个北京中医药薪火传承3+3工程基层名老中医传承工作室和4个东城区知名中医专家工作室。眼科是重点学科，技术力量雄厚，专业设备先进，能够熟练开展各种复杂眼科手术，并率开展了干眼症的中西医结合治疗、儿童屈光发育档案的建立及青少年近视综合防控工作，屈光性白内障手术达到国内先进水平。
第七名：首都医科大学附属北京中医医院
首都医科大学附属北京中医医院拥有赵炳南皮肤病研究中心、脾胃病中心、肿瘤医疗中心及针灸中心等4个临床诊疗中心。设有中医皮肤科、中医心血管、中医脾胃病、针灸、中医儿科、中医妇科及中医治未病中心7个北京市中医特色诊疗中心。拥有国家中医药管理局重点学科8个、北京市重点学科5个；国家临床重点专科8个、国家中医药管理局重点专科13个。
第八名：北京中医药大学东直门医院
北京中医药大学东直门医院是首批国家大型综合性三级甲等中医医院和国家示范中医医院，是首批国家中医临床研究基地和国家药物临床试验机构，拥有教育部重点学科1个，国家中医药管理局重点学科9个，北京市重点学科2个。国家临床重点专科6个，区域中医(专科)诊疗中心5个，国家中医药管理局重点专科16个，北京市重点专科13个。
第九名：北京市隆福医院
北京市隆福医院作为北京市首批老年病医院，打造了一批重点专科及优势学科。医院的中西医结合康复医学科为北京市重点专科；老年病科、呼吸内科为东城区重点专科；骨科、肛肠科为东城区中医重点专科；心血管内科、内分泌科、神经内科、乳腺外科、泌尿外科为院级重点专科。待批市级重点专科的有肛肠科、呼吸科、老年病科。
