牡丹江医院排名靠前的是牡丹江医学院附属第二医院、牡丹江市第二人民医院、黑龙江省牡丹江林业中心医院等。牡丹江医学院附属第二医院形成了10个在市内有影响力的专家团队和特色专科；牡丹江市第二人民医院是市区抢救危重病人最多守护病人量最大，经济效益最好的医院；黑龙江省牡丹江林业中心医院是牡丹江林区医联体核心单位，其中蜱媒病科是全省唯一治疗该类疾病的专科。
第一名：牡丹江医学院附属第二医院
牡丹江医学院附属第二医院较早建立了黑龙江省东部地区最先进的内镜检查室、ICU（术后监护室）、及PCR实验室。形成了消化内科、儿科、血液风湿科、普外科、妇产科、泌尿外科等10个在市内有影响力的专家团队和特色专科，其中消化内科开展的ERCP等技术、妇产科开展的单孔腹腔镜等技术及泌尿外科开展的RNU等属黑龙江省东部地区技术领先。医学影像科开展人工智能肺部结节筛查技术全国领先。
第二名：牡丹江市第二人民医院
牡丹江市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急诊急救为一体的三级甲等综合性医院。是市区抢救危重病人最多守护病人量最大，经济效益最好的医院，先后被授予”市文明单位标兵“，”省级文明医院“，”牡丹江市先进党委“等荣誉称号。医院设置36个临床科室和7个医技科室，其中内分泌科为牡丹江市重点学科，神经内科、神经外科、骨外科、影像科、超声诊断科、急诊医学科是牡丹江市重点专科。
第三名：黑龙江省牡丹江林业中心医院
黑龙江省牡丹江林业中心医院现已发展成为技术实力雄厚、设备先进、功能齐全，集医疗、教学、科研为一体的国家三级甲等综合性医院，是牡丹江林区医联体核心单位。如蜱媒病科是牡丹江市重点学科，其疾病诊治水平和影响力在国内处于领先地位，是全省唯一治疗该类疾病的专科。骨科是牡丹江市重点学科，也是黑龙江省东南部地区规模最大、最权威的骨科疾病治疗中心。
第四名：牡丹江市中医医院
牡丹江市中医医院是牡丹江地区唯一一所市属集医疗、科研、教学、预防、康复、保健为一体的大型综合性现代化三级甲等中医医院，为省内多所高等医学院校教学医院，也是牡丹江地区唯一一个国家级中医住院医师规范化培训基地。医院是省内医疗设备较好的中医医院之一，部分诊疗技术走在全市乃至全省先列。
第五名：牡丹江市第一人民医院
牡丹江市第一人民医院是一所集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。其中耳鼻喉科、检验中心、肾内科、消化内科、头颈乳腺外科、老年病科等科室处于市级领先地位。医院最新引进了全市唯一的无痛无盲区检查的OMOM胶囊内镜。建立了检验中心、影像中心、物理诊断中心、腔镜诊疗中心、会诊中心等五个中心，在全市卫生系统处于领先地位。
第六名：牡丹江心血管病医院
牡丹江心血管病医院是1987年建成的我国第二所心血管病专科医院。拥有一支以留学归国专家为主体的高素质人才梯队，配备了飞利浦256层极速iCT等科研设备500余台（套）。在冠状动脉搭桥术，低体重婴幼儿先心病矫治术，大动脉转位血管移植术，房、室间隔缺损及动脉导管未闭封堵术，冠状动脉腔内支架术，二尖瓣球囊扩张术，多腔起搏器置入术，心脏射频消融术等高难手术具有国内领先水平，填补多项省内和国内空白。
第七名：牡丹江医学院附属红旗医院
牡丹江医学院附属红旗医院拥有省级重点学科2个，省级重点培育学科1个，国家临床重点专科建设项目1项，省级临床重点专科4个。省级重点实验室2个，牡丹江医学院心血管病研究所1个，市级重点学科4个，市重点专科4个。现有“国家级卒中中心、国家级胸痛中心、国家级房颤中心、国家消化道早癌防治中心等”9个。四级手术、微创手术在省东南部地区处于领先地位。
第八名：牡丹江市妇女儿童医院
牡丹江市妇女儿童医院已成为集妇女儿童医疗、保健、康复、科研、教学于一体的“三级甲等”专科医院。是牡丹江地区技术力量最强、学科最全面、能一站式解除儿童各种疾病的儿童专科医院，开通了黑龙江省东部地区唯一的新生儿急诊急救远距离转运120和儿童急救120绿色通道，填补了我省东部地区小儿急诊急救项目的空白。同时也是牡丹江地区妇女儿童疾病诊疗和保健中心，全地区孕产妇和新生儿急诊急救中心。
第九名：牡丹江肿瘤医院
牡丹江肿瘤医院现已成为一所集肿瘤疾病的预防、医疗、教学、科研、保健、康复于一身的特色专科医院，以头颈乳腺中心、胸外科为市重点学科，拥有国内外先进的大中型诊疗设备60余台件，担负着黑龙江省东南部地区包括牡丹江市4市2县4个城区280余万人口肿瘤疾病的防治任务。
第十名：牡丹江市康安医院
牡丹江市康安医院是集预防、医疗、教学、科研、保健、康复、疗护为一体的三级甲等传染病专科医院。建有市级重点专科5个，即肝病科、结核病科、影像科、物理诊断科、检验科。结核病尤其耐多药结核病诊疗技术、中西医结合治疗肝病技术、乙肝母婴阻断技术、肝病消化内镜诊疗技术、人工肝技术、感染性肾衰竭血液净化技术、肝胆外科技术、皮肤病性病艾滋病诊疗技术等成为医院发展的重点优势专科。