南京胃肠科比较好的医院排名是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。南京医科大学第一附属医院消化内科是国内较早开展ESD、ESE、EFR技术的单位之一；南京鼓楼医院消化内科在2020年复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜中位列全国第15名；东南大学附属中大医院消化内科在消化系统疾病的治疗方面有丰富和独特的临床经验。
第一名：南京医科大学第一附属医院-消化内科
南京医科大学第一附属医院消化内科现有7个亚专科，分别为消化道早癌、消化道瘘、胆胰疾病、炎症性肠病、胃肠动力、消化道出血及门脉高压、幽门螺杆菌和消化道微生态。是国内较早开展ESD、ESE、EFR技术的单位之一，结合卫生部食管癌早诊早治中央财政专项资助普查项目，在江苏以及邻近省开展早期食管癌、胃癌的筛查和NBI等电子染色检查，近年来发现大量早期消化道癌前病变和早癌，并接受ESD等治疗。
第二名：南京鼓楼医院-消化内科
南京大学医学院附属鼓楼医院消化内科现为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、江苏省消化内镜诊疗中心、江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心、江苏省创新团队、南京消化病临床医学中心、中华医学会消化内镜医师培训中心江苏省培训基地、中国医师协会消化内镜培训基地、中华医学会消化内镜学分会副主任委员单位。消化内科在2020年复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜中位列全国第15名，是江苏省消化领域唯一入围科室。
第三名：东南大学附属中大医院-消化内科
东南大学附属中大医院消化内科下设消化内科门诊、消化内科病房和消化内镜中心，拥有先进的电子胃镜、肠镜、十二指肠镜、超细胃镜、电子双气囊小肠镜等。在消化系统疾病的治疗上，尤其对胃-食管反流性疾病、早期食管癌、食管平滑肌瘤、消化性溃疡、早期胃癌、贲门黏膜撕裂症、贲门失弛缓症、横径动脉瘤破裂出血、肝硬化、溃疡性结肠炎、克罗恩病、早期大肠癌、缺血性肠病、胃/小肠/大肠间质瘤、小肠血管畸形等的治疗有丰富和独特的临床经验。
第四名：东部战区总医院-消化内科
东部战区总医院的消化内科是集医疗、教学和科研为一体的综合性临床科室。对各类消化系统疾病的诊治积累了丰富的临床经验，其中内镜下粘膜切除术（EMR）开展10多年，并于2007年起开展内镜粘膜下层剥离术（ESD）。内镜下逆行胰胆管造影（ERCP），超声内镜（EUS）及有关内镜治疗均达到国内先进水平。
第五名：南京市第一医院-消化内科
南京市第一医院消化内科目前已开展江苏省重点科室所要求的所有项目及技术，如：常规内镜、放大内镜、染色内镜、无痛内镜、超声内镜、小肠镜、胶囊内镜；已开展ERCP、EMR、ESD、STER、POEM、G-POEM、EUS-FNA、超声内镜下神经节阻断术、食管胃底静脉曲张内镜下套扎、硬化及组织胶注射术；内镜下光动力治疗、内镜下经皮胃造瘘术、内镜下消化道支架治疗消化道良恶性狭窄及改良法内镜下内痔治疗术（Meht）等。
第六名：南京市第二医院-消化科
南京市第二医院消化科开展了包括食管、胃、肝脏、胆胰、肠道等各种消化系统常见病、多发病的专科和内镜综合诊断及治疗。重点针对肝硬化门脉高压引起的上消化道出血开展包括内镜、内科、介入、外科、ICU等多学科联动的综合诊疗，尤其在内镜治疗领域开展了内镜下胃曲张静脉精准断流术（ESVD)，结合套扎及常规硬化术，专科技术有一定水平。
第七名：江苏省中西医结合医院-消化科
江苏省中西医结合医院消化科，为国家卫生部临床重点专科、国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目、江苏省中医重点专科、江苏省中医重点学科。在慢性萎缩性胃炎、胃癌及癌前期病变、溃疡性结肠炎、消化性溃疡及胆汁反流性胃炎等疾病的中西医结合诊治具有突出优势。在对胃食管反流病、肠易激综合征等胃肠动力障碍性疾病，对胃癌、肠癌等消化道肿瘤方面的研究达到国内先进水平。
第八名：南京医科大学附属江宁医院-消化内科
南京医科大学附属江宁医院消化内科为我院专科建设中起步最早的重点专科之一，设备先进齐全，配备有OLYMPUS胃镜、结肠镜、十二指肠镜、放大内镜、小肠镜、超声内镜、胶囊内镜、Spyglass，埃尔博电刀，麻醉机，胃肠动力检测仪，碳13、碳14呼气检测仪等设备。擅长消化系统各类疾病的诊治。
第九名：南京市中西医结合医院-消化内科
南京市中西医结合医院消化内科，采用中西医结合的诊疗方法，在反流性食管炎、胆汁返流性胃炎、溃疡性结肠炎、功能性消化系统疾病（包括消化不良、肠易激综合症）等方面具有较好的临床疗效。专病门诊开设脾胃病专家门诊、反流性食管炎及肝病专病门诊。特色疗法对治疗功能性胃肠病有非常丰富的经验，擅长以中西医结合方法治疗胃食管反流病、功能性消化不良、肠易激综合征等疾病。
第十名：南京医科大学附属逸夫医院-消化内科
南京医科大学附属逸夫医院的消化内科，是医院重点建设科室，设有消化内科门诊（专科和专家门诊）、消化内科病房、消化内镜中心、消化实验室。常规收治消化系统常见病、少见病及疑难病例，包括胃肠道炎症性病变，胃、十二指肠溃疡，胃肠道息肉、肿瘤，胆管结石、胆管炎，胰腺炎、胃肠道出血、病毒性肝炎、肝脏损伤、肝硬化、肝脓肿等。对于常见疾病的治疗有丰富的治疗经验。