淮北市中医医院擅长的科室有肺病科、心病科、针灸科、脑病科、肝病科等。
1、肺病科
淮北市中医医院肺病科，现为安徽省“十三五”中医重点专科。擅长运用中西医结合方法主治各种肺部感染、慢性阻塞性肺疾病、慢性肺源性心脏病、支气管哮喘、肺纤维化等各种呼吸系统疾病。治疗方法除常规西医（药）疗法外，还有中医特色突出的伏贴、三九贴、埋线、刮痧、足疗、背肌针、中药灌肠、压缩雾化、穴位注射、艾灸、肺康复训练及自制中药制剂等。
2、心病科
淮北市中医医院心病科，现为安徽省“十三五”中医重点专科。现有床位52张（包括CCU 6张），主治冠心病、高血压病、心律失常、心房颤动、早搏、病毒性心肌炎、扩张型心肌病、急性心力衰竭、急性心肌梗死、急性冠脉综合症等心血管疾病及其他内科疑难杂病。采用中西医结合的方法诊治心血管科常见病、多发病，疗效肯定，效果显着。
3、针灸科
淮北市中医医院针灸科，现为国家中医“十二五”重点专科，淮北市市级重点发展学科。在运用针灸、推拿、牵引、正脊、小针刀疗法、理疗、骶疗、穴位注射、神经根注射、中药内服外敷等数十种中医、中西医结合疗法治疗腰椎间盘突出症，颈椎病、骨质增生症、风湿、类风湿性关节炎、肩周炎、关节脱位等颈肩腰腿痛疾患以及面瘫、中风后遗症、小儿脑瘫、头痛、失眠、耳鸣等内、妇、儿科疾患，肥胖、亚健康人群的养生保健等方面有较强优势。
4、脑病科
淮北市中医医院脑病科，现为安徽省中医重点专科。诊疗上“以中医特色方法为主”，中、西医技术优势互补。目前的脑病科已成为中西医相结合方法治疗脑部疾病，在皖北地区享有极高声誉的综合性专病专科。尤其在脑血管疾病、面神经麻痹、颈椎病等疑难病诊疗方面独显特色优势。
5、肝病科
淮北市中医医院肝病科，现为安徽省中医重点肝病专科，全国疑难及重症肝病攻关协作组成员单位。在采用中西医结合方法治疗各种急慢性肝炎，重症肝炎、肝硬化腹水、酒精肝、脂肪肝，药物性肝损害等肝病，方法独特，疗效肯定。