南通呼吸科医院排名靠前的是南通大学附属医院呼吸内科、南通市中医院呼吸内科、南通市第一人民医院呼吸内科等。南通大学附属医院呼吸内科2009年获评江苏省省级临床重点专科，年收住住院患者2000余位，可诊治肺炎、慢阻肺、肺部恶性肿瘤等常见疾病。南通市中医院呼吸内科是江苏省中医重点专科，自研特色制剂治疗慢阻肺、肺脓疡达国内领先水平。南通市第一人民医院呼吸内科是南通地区首个通过国家呼吸与危重症医学科建设认证的单位，气管镜介入技术在省内享有较高知名度。
1、南通大学附属医院 呼吸内科
该科室在2009年被评为江苏省省级临床重点专科，设有呼吸与危重症医学科病房、呼吸重症监护病房、肺功能室、电子纤维支气管镜室、睡眠呼吸监测病房、呼吸病学实验研究室，可诊治肺炎、慢阻肺、肺部恶性肿瘤等常见疾病，对肺血管疾病、肺间质性疾病等疑难少见病也有丰富诊疗经验，常规开展各类支气管镜下介入治疗、经皮肺/胸膜活检、睡眠呼吸监测等项目。科研方面已获国自然项目1项、国家青年基金项目1项，省市级奖项十余项。
2、南通市中医院 呼吸内科
该科室组建于2000年，是江苏省中医重点专科、南通市中医重点专科，为中西医结合诊疗团队。配备13台进口呼吸机、电子气管镜、肺功能仪等设备，可开展现代呼吸诊疗技术及冬病夏治穴位贴敷、中药外敷等中医特色技术。科室以中西医结合为特色，特色制剂康咳灵、金荞麦水剂治疗慢阻肺、肺脓疡达国内领先水平，已开展30余项省市级课题，发表论文130余篇，参与编写专著8部。
3、南通市第一人民医院 呼吸内科
该科室建科于1980年，是中国医师协会气道支架置入医师培训中心、江苏省临床重点专科、南通市呼吸病临床医学中心，也是南通地区首个通过国家呼吸与危重症医学科建设认证的单位，为硕士学位授予点、国家级住院医师规范化培训基地。科室现有市级重点人才2名，气管镜介入技术为特色方向，在省内享有较高知名度，可开展急慢性呼吸衰竭诊疗、肺癌规范化诊疗、呼吸睡眠监测等服务。近年获江苏省医学科技引进奖一等奖1项，获批省自然基金项目2项，获专利12项，发表SCI论文近30篇，每年举办国家级、省级继续教育项目。
4、南通市第六人民医院 呼吸内科
该科室是南通市重点学科、南通市临床重点专科、南通市医学创新团队、南通市首批基层特色科室孵化中心、南通市呼吸感染性疾病临床研究中心（建设），是医院临床发展能力重中之重科室，下设3个病区。科室医疗队伍实力雄厚，对各类呼吸系统疾病诊治、危重患者抢救积累了丰富临床经验，在急重症呼吸疾病抢救、肺部重症感染、慢性气道管理、间质性肺炎、肺部肿瘤及疑难少见病诊治方面形成成熟方案，开展的呼吸康复工作可提升慢性呼吸疾病患者预后与生活质量。科室在南通地区较早开展支气管镜诊疗、肺泡灌洗技术，近年成熟开展肺癌介入治疗、气道支架置入、内科胸腔镜等呼吸介入操作。
5、海安市人民医院 呼吸内科
该科室擅长运用经济合理的诊疗方案治疗呼吸系统常见病，在支气管哮喘、慢阻肺、气胸、胸腔积液、肺部感染、呼吸衰竭等疾病诊治方面具有显著特色，针对肺癌的早期诊断和治疗形成了一套完整的标准化方案。科室常规开展纤支镜检查、气管镜下纵隔淋巴结活检术、肺功能检查、支气管肺泡灌洗术、经皮肺穿刺活检术等多种诊疗操作，可满足多数呼吸系统疾病的诊断及介入治疗需求，在运用机械通气抢救呼吸衰竭等急危重症患者方面积累了丰富的临床经验，可为海安及周边区域的呼吸疾病患者提供可靠的诊疗服务。
