西安交通大学第一附属医院擅长风湿免疫科、感染内科、精神科、泌尿外科、内分泌科。这5个科室诊治范围广泛，学科技术力量雄厚，患者可根据个人情况就诊。
1、风湿免疫科
是西北地区最具实力的风湿免疫专科，已开展自身抗体谱及自免肝抗体谱测定、骨关节超声、MRI等检查，新型生物制剂已在类风湿关节炎、强直性脊柱炎等疾病中广泛应用，而其在系统性血管炎、系统性红斑狼疮等重症难治风湿免疫病中的应用也取得了显著的疗效。
2、感染内科
是全国第一批传染病专业独立设置单位、西北地区第一个新药临床研究机构，现已成为西北传染病专业唯一国家委省共建传染病区域医疗中心。主要开展的业务有肝衰竭的救治（西北地区最早开展人工肝的学科）、乙肝母婴传播阻断和乙肝家族聚集性感染诊治，处于国内先进水平。
3、精神科
率先在国内综合医院开设心理咨询门诊，现已形成稳定的研究方向和学科特色，是国家新药临床试验精神专业机构，临床诊断、治疗、研究处于西北领先、国内先进水平。
4、泌尿外科
是我国西北地区唯一的集国家重点学科和国家临床重点专科于一身的泌尿外科学科。该科室重视临床与基础研究，在泌尿系统肿瘤、结石、前列腺增生、女性与神经尿控、小儿泌尿与尿道重建、男科疾病等的诊治方面积累了丰富的临床经验。
5、内分泌科
是西北地区最大的内分泌代谢病专业医、教、研基地，在发展中形成了自己的特色和优势专业，在Graves甲亢、甲状腺结节及肿瘤、以及疑难甲状腺疾病的综合诊断和治疗方面处于国内先进水平。