天津市南开医院擅长肝胆胰外科、胃肠外科、急症科、中西医结合妇产科、中西医结合儿科等。
1、肝胆胰外科
天津市南开医院肝胆胰外科从事胆胰外科的临床与基础研究工作，以胆道和胰腺急危重、复杂疾病及相关危重病的微创化个体化外科治疗为主要研究方向。其中胆胰疾病相关急腹症中西医结合诊治团队是天津市131创新型人才团队，是国中局区域中医（外科）诊疗中心、国家临床重点专科、国家重点学科重要承载体。团队现为世界急诊外科学会和世界急诊外科杂志理事会成员单位、世界外科感染联盟顾问委员会成员单位。
2、胃肠外科
天津市南开医院胃肠外科是中国中西医结合急腹症外科的发源地，秉承中国中西医结合急腹症外科的悠久历史和学术积淀，不断发展壮大，成为集医疗、教学、科研、康复、国际学术交流为一体的胃肠外科疾病综合诊疗基地。是中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地胃肠外科中心。是国家中医药管理局“十一五”、“十二五”、“十三五”脾胃病科重点建设培育专科。
3、急症科
天津市南开医院急症科成立于1995年，于2006年发展壮大成为医院优势学科，并成为第一批国家中医药管理局中医、中西医结合急症临床基地、“十一五”、“十二五”重点专科。科室是一个集医疗、教学、科研为一体的中西医结合的急症诊疗中心，承担着天津医科大学、天津中医药大学、天津医学高等专科学校的临床教学以及住院医师规范化培养等工作。
4、中西医结合妇产科
天津市南开医院中西医结合妇产科是集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性科室，是国家中医药管理局中西医结合“十二五”重点专科、天津市卫健委和南开医院的中西医结合重点专科等。科室以中西医结合、宫腹腔镜微创治疗妇科疾病、术后快速康复等为学科特色，建立了规范的产科危重症抢救流程、产科常见并发症和合并症诊治规范及临床路径，并承担全市及周边地区的孕产妇救治工作。
5、中西医结合儿科
天津市南开医院中西医结合儿科是天津市重点中医专科，建科来一直坚持以中西医结合为特色，具备先进的医疗设备和较高的中西医结合诊治儿童常见病和疑难疾病技术水平。目前，科内已开展8项中医特色项目疗法，包括：中药穴位贴敷法、中医穴位拔罐法、穴位按摩、针灸疗法、耳针法、中药熏洗法、中药灌肠法、刮痧排毒法、小儿捏脊，临床取得了很好疗效。